С. А. Корниенко А. В. Кривопалов
THE RESULTS OF LONG-TERM MONITORING OF MOSQUITOES
жүктеу/скачать 7.14 Mb. Pdf көрінісі
|
- Бұл бет үшін навигация:
- Геномика Opisthorchis felineus
| THE RESULTS OF LONG-TERM MONITORING OF MOSQUITOES
IN THE VICINITY OF NOVOSIBIRSK Mirzaeva A.G., Chodyrev V.P. Date of long-term observations on the population dynamics of the dominant species of blood- sucking mosquitoes in area of Novosibirsk are shown, as reflected in the attached table. Increase in the numbers of mosquitoes depends on weather conditions of season, mainly on the presence or absence of high floods or flood. Changing climate anomalies in the warming caused a sharp reduction in the number of oligothermophil species group communis and mosquitoes rise moderately thermophilic and thermophilic, as well as its abrupt and the sharp rise due to instability hydrothermal regime in early spring-time period. УДК 576.895.122.21 МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ ПЕЧЕНОЧНОГО СОСАЛЬЩИКА OPISTHORCHIS FELINEUS Мордвинов В.А., Ершов Н.И., Пахарукова М.Ю. Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН, пр. ак. Лаврентьева10, Новосибирск 630090 Россия. E-mail: mordvin@bionet.nsc.ru. Возбудитель описторхоза, печеночный сосальщик Opisthorchis felineus (Rivolta, 1884), является одним из наиболее распространенных гельминтов человека на тер- ритории России и входит в число эпидемиологически значимых трематод семей- ства Opisthorchiidae. Мариты O. felineus паразитируют в гепатобилиарной системе млекопитающих и при длительной инвазии провоцируют развитие тяжелых заболе- ваний, существенно понижающих качество жизни. Высокая медицинская значимость O. felineus привлекает внимание исследова- телей, работающих в различных областях биологии и медицины. В этом обзоре кратко суммированы наиболее важные, по нашему мнению, результаты исследований мо- лекулярной биологии этого паразита. Геномика Opisthorchis felineus Размер митохондриального генома O. felineus составляет 13 875 п.н., он содер- жит 36 генов: 12 белок кодирующих генов, два гена рибосомальных РНК и 22 гена транпортных РНК. Митохондриальные гены O. felineus, C. sinensis, Fasciola hepatica и Paragonimus westermani идентичны, но отличаются от генов шистосоматид [1]. Размер существующей сборки ядерного генома O. felineus составляет 684 мил- лионов пар оснований, 30.3% генома представлено повторяющимися элементами, в основном ретротранпозонами (NCBI databases, Bioproject accession number PRJNA413383). В геноме аннотировано порядка 11,5 тыс. белок-кодирующих генов [2], а также 55 генов, кодирующих микроРНК [3]. По этим характеристикам геном O. felineus очень близок к геномам двух других эпидемиологически значимых пред- ставителей семейства Opisthorchiidae, печеночных сосальщиков O. viverrini и Clonorchis sinensis. Однако при анализе синтении геномов трех описторхид была обнаружена существенная структурная вариабельность. Установлено, что по распо- ложению гомологичных локусов степень сходства геномов O. felineus и C. sinensis выше, чем у O. viverrini с O. felineus и C. sinensis. Эти данные хорошо коррелируют Паразитологические исследования в Сибири и на Дальнем Востоке 100 с результатами кариологического анализа, — O. felineus и C. sinensis обладают 7-ю парами хромосом, O. viverrini — 6-ю парами хромосом [4]. Данные анализа синтении геномов подтверждаются также результатами фи- логенетических исследований с использованием отдельных генетических маркеров и полногеномных данных трех описторхид [2, 5, 6, 7]. Таким образом, изложенные выше факты указывают на принадлежность C. sinensis к роду Opisthorchis. Соглас- но данным молекулярно-биологических исследований этот вид занимает промежу- точное положение между O. felineus и O. viverrini. При исследовании генома и транскриптома O. felineus было обнаружено, что регуляция экспрессии почти 50 % генов осуществляется с участием транс-сплай- синга [2]. Эта особая форма процессинга РНК довольно часто встречается у плос- ких червей, однако столь широкое вовлечение транс-сплайсинга в клеточную ма- шинерию трематод явление необычное. Например, у Schistosoma mansoni транс- сплайсинг участвует в регуляции транскрипции только 11% генов [8]. Большинство генов O. felineus, экспрессия которых контролируется данным механизмом, кодируют белки базовых метаболических процессов. При анализе ге- номных данных O. viverrini и C. sinensis была обнаружена высокая консерватив- ность мишеней транс-сплайсинга, вовлеченного в посттранскрипционную регуля- цию по большей части тех же генов «домашнего хозяйства». Очевидно, этот меха- низм играет важную роль в жизнедеятельности описторхид, хотя в настоящее время функциональное значение транс-сплайсинга окончательно не установлено. В результате сплайс-лидер-зависимого транс-сплайсинга 5’-участок новосинте- зированной пре-мРНК заменяется на короткую последовательность сплайс-лидера, кодируемого отдельным геном. У плоских червей эта встраиваемая последователь- ность оканчивается консервативным триплетом AUG. Вполне вероятно, что этот трип- лет может выступать в роли старт-кодона при трансляции зрелой мРНК, подвергшей- ся транс-сплайсингу. С другой стороны, причиной экспансии транс-сплайсинга у O. felineus может быть его роль в удалении длинных 5’-некодирующих областей из пре- мРНК, что необходимо для эффективной трансляции зрелых транскриптов. Ещё одна гипотеза заключается в том, что транс-сплайсинг необходим для ре- гуляции экспрессии оперонов. В геноме O. felineus выявлено 355 потенциальных оперонов, которые объединяют 736 генов, разделенных сайтами транс-сплайсинга. Предсказанные опероны содержат от двух до четырех генов, демонстрирующих различные уровни экспрессии. Не исключено, что стабильность уровней экспрес- сии генов оперонов достигается тем, что процессинг пре-мРНК, синтезированных под контролем одного и того же промотора, регулируется при помощи транс-сплай- синга. Глубокое изучение геномики описторхид может дать ключ к пониманию фун- кционального значения этого механизма редактирования РНК. жүктеу/скачать 7.14 Mb. Достарыңызбен бөлісу:
|