Электрондық қасиеттерді есептеу формулалары

2. 
   Бес мүшелі гетероциклдер мен бензолдың есептелген қасиеттерін салыстырып, сұраққа жауап беріңіз. Электрофильді алмастыру реакциясы қай жүйелерде оңай жүреді?
   
3. 
   3. Көрсетілген молекулалардың дипольдік моментін есептеп, нәтижелерін көрсетіңіз (орындалған тапсырманың мысалы 1-сызбада көрсетілген).
   

Сызба 1. Бес мүшелі гетероциклдер мен бензолдың дипольдік моментінің құрылымы және есептік нәтижелері.

4. 
   Жартылай зарядтардың атомдарға таралуын есептік нәтижесін көрсетіңіз. Есептік нәтижелерін талдаудың мысалы 3-суретте көрсетілген. Сутегі атомдарының орын басу реакциялары гетероциклдер сақинасының қандай позицияларында жүреді?
   

Сурет 11 - Пиримидин молекуласын есептік нәтижелері және атом зарядтарының Малликен жүйесі бойынша таралуы

Тапсырмаларды орындағаннан кейін жеке есептер мен нәтижелер презентация түрінде топтарда ұсынылады. Мұғалім жеке және топтық жұмысты бағалайды.

2.3 Практикалық жұмыс №2 «Гетероциклді қосылыстардың биологиялық белсенділігін виртуалды скрининг үшін PASS online қолдану» практикалық жұмысын әзірлеу

1. 
   Оқытушыдан алынған сілтемені, қосылыстар тізімін және олардың SMILES белгілерін жүктеңіз.
   
2. 
   Pass online бағдарламасын ашыңыз http://way2drug.com/passonline / және Go for prediction батырмасын басыңыз. Тіркеу терезесін ашу кезінде авторлану немесе e-mail көмегімен тіркелу қажет.
   

Сурет 12 - PASS online бағдарламасының скриншоты

3. 
   SMILES арқылы көшірілген жолды енгізіңіз немесе 1 қосылыс үшін болжам жасау үшін .mol ​​файлдарын пайдаланыңыз.
   

Сурет 13 - PASS онлайн бағдарламасындағы химиялық құрылымды таңдау терезесінің скриншоты

4. 
   Болжау терезесінде Pa>0,7 сүзгісін басыңыз. Болжау терезесінде алынған мәндерді таңдаңыз немесе Ctrl+c пернелер тіркесімін басыңыз. Көшірілген мәндерді есеп файлына қойыңыз.
   
5. 
   

6. 
   Жұмыс файлында алынған әрбір қосылыс үшін болжамды қайталаңыз.
   
7. 
   Жиынтық кестені құрыңыз, онда болжам жасалған қосылыстардың құрылымдары мен атаулары, сонымен қатар биологиялық белсенділіктің ең ықтимал 5-6 түрі көрсетіледі. Сіз көрсеткен биологиялық белсенділік түрі нені білдіретінін қысқаша сипаттаңыз. 1-қосылыс үшін толтырылған кестенің мысалы төмендегідей:
   

8. 
   Қорытындыны шығарыңыз: қандай қосылыстар белсенділіктің ең жоғары ықтималдығын көрсетті? Оларды қалай және қайда қолдануға болады?