reg trpE trpG trpC trpF trpB-2 trpA trpD
  
aroC
tyrA
pheA
Methanosarcina mazei
trpC trpB trpA trpD trpF trpE trpG
Methanosarcina acetivorans
trpC trpB trpA trpD trpF trpE trpG
Pyrococcus abyssi
trpC trpD trpE trpG trpF* trpB-1 trpA
trpB-2
Рис. 8. Продолжение
Pyrococcus furiosus
trpC trpD trpE trpG trpF* trpB trpA
trpB-1
Thermoplasma acidophilum
trpA* trpD trpF* trpE trpG trpC
trpB
T.volcanium
trpA* trpD trpF trpE trpG trpC
trpB
H. salinarum
trpC trpB trpA
trpD1 trpF trpE1 trpG1
A.fulgidus
trpC,D trpE trpG trpF* trpB-2 trpA
trpB-1
F.acidarmanus
trpB trpA trpD
trpF trpE trpG trpC
Рис.8. Продолжение
Methanococcoides burtonii
trpB1
trpE
trpD
trpC trpB trpA
Поиск потенциальных сайтов связывания белка-регулятора
Используя матрицу, полученную на основании сайтов в геноме M. thermoautotrophicus, нам удалось обнаружить сигналы только в группе, содержащей организмы из рода Methanosarcina и Methanococcoides burtonii, причем сигнал не был обнаружен для M. barkeri. В геномах M. acetivorans и M. mazei потенциальные сайты связывания были найдены перед trp-опероном. С помощью выравнивания регуляторных областей перед данными оперонами, было показано, что сайты расположены в консервативной области, тогда как остальная часть данного межгенного участка является неконсервативной (Рис. 9). Помимо trp-оперона в геномах этих двух видов архей имеется второй ген trpB, перед которым не было обнаружено потенциальных сайтов. У Methanococcoides burtonii сайты были найдены перед всеми генами, отвечающими за синтез триптофана из хоризмата, кроме trpE. Все найденные сайты приведены в таблице 3.
Рис. 9. Выравнивание регуляторных областей перед trp-опероном у M. mazei и M. acetivorans. Найденный сигнал на выравнивании отмечен зеленым цветом. Инициаторные кодоны выделены курсивом и подчеркнуты. Обозначения: MA - M. acetivorans, MMZ - M. mazei.
MA|trpC ------------------------------------------------------------
MMZ|MM2823 AATTGGTCAGGCATTGTTATACGGGTCCATTTTTTACCCCTTTATTTCTACTGGAAAAAT
MA|trpC ---------------------------------------AATGTATGAACAAAATAAATT
MMZ|MM2823 TTAATACAGATTTTTTGTAATTTCAATTTTTGCCTTTAAAATTCATCAAACACCTGAAGA
*** ** ** * * **
MA|trpC TGTTTAATTCGGTTATTCTCATCCTACTGAA-GTTCATTTT-GTCTGTAGCCTTTTTAAC
MMZ|MM2823 TCAAAAGAAGTGTTTCCCATACTTGAGGGAATGTTCATCAGAGTCTATCAGTTTTT---C
* * *** * * * *** ****** **** * **** *
MA|trpC TCGGTTCCTGCAATCTTAAAGAATTTATGTGATGTTTTTGTGTGCTGGCTTTTTCTTC--
MMZ|MM2823 TCAAACTGCATGGCACGACAGCGTTTCTGTGTAGAAATGAACTGTCAGCGATTTCTTCAG
** * ** *** **** * * ** ** *******
MA|trpC --CGAATTTTATTTACAGGTATAAATATAAATAAAACTATTATTATT--TAATCCTCAAA
MMZ|MM2823 CCTGTACCCCGGCAGAACTGATAAATTTACTCAAAATCCGCAGAACTCTTAATCCGTCAC
* * * ****** ** **** * * * ****** *
MA|trpC ATTTTATAA---AATCAGCAACAGTTTATCCTCATCCAAAAGCTTTTTATAGCAAGTATG
MMZ|MM2823 TTCTAAGTGGTTACTTTTTAAACTCCTGTCATCATCCGAAATCTTTTTATATCAAGTACA
* * * * * ** * ** ****** *** ********* ******
MA|trpC GTATTAGACATTGTTGTACACAAATATACACCAGTGATGATTA----------
MMZ|MM2823 GCATTAGACATTGTTGTACACAACTATACGTCAGTGATTCATAATGCACGATT
* ********************* ***** ******* **
Табл. 3. Предполагамые сайты, найденные в регуляторных областях.
Организм
|
Оперон
|
Положение
|
Вес
|
Сайт
|
M. thermoautotrophicus
|
regulator
|
-8
|
7.50
|
TGTAtA-4-TGTACA
|
M. thermoautotrophicus
|
aroC
|
-86
|
5.65
|
gGTACA-5-cGTAtA
|
M. thermoautotrophicus
|
pheA
|
-71
|
6.62
|
TGgACA-5-gGTACA
|
M. thermoautotrophicus
|
trpB-1
|
-103
|
8.47
|
TGTACA-4-TGTACA
|
M. thermoautotrophicus
|
tyrA
|
-135
|
5.65
|
TGgACc-5-TGTtCA
|
M. thermoautotrophicus
|
trpEGCFB-2AD
|
-86
|
7.51
|
TGTACA-4-TaTACA
|
M.mazei
|
trpCGEFB
|
-48
|
8.98
|
aGTACA-4-TagACA-4-TGTACA
| M.acetivorans |
trpСGEFB
|
-38
|
8.97
|
TagACA-4-TGTACA-4-TaTACA
|
Methanococcoides burtonii
|
trpD
|
-7
|
9,95
|
TaTACA-4-TGTACA-4-TGTACA
|
Methanococcoides burtonii
|
trpCBA
|
-39
|
9,31
|
TGTACA-4-TaTACt-4-TGTACA
|
Methanococcoides burtonii
|
trpB-1
|
-91
|
5,68
|
TGTAat-4-TGTACA
|
Methanococcoides burtonii
|
trpB-1
|
-41
|
7,07
|
TcTACA-4-aGTACt-4-TGTgCA
|
Достарыңызбен бөлісу: | 
