Международные научные связи иси со ран за 2014 год Календарь зарубежных командировок по странам
жүктеу/скачать 78.5 Kb.
|
- Бұл бет үшін навигация:
- Прием иностранных специалистов: 1. Доктор Стефан Леру
- Организация международной конференции
- Участие в международных программах сотрудничества, зарубежные гранты: 1. Тема: Анализ Вычислимости (COMPUTAL)
- 2. Проект EU ( N PIRSES-GA-2011-294962)
- 3. Проект DFG ( CAVER , грант No BE 1267/14-1) и РФФИ (грант No 14-01-91334)
- 4. Тема: Алгоритмы и программный комплекс для анализа некодирующих РНК
- 5. Тема: Программная платформа комплексного анализа экспериментальных данных системной биологии
- 6. Тема: Интерфейс и программные средства для поиска и анализа генетической информации с использованием баз данных компании Biobase
- 7. Тема: OpenWorm: создание действующей модели C. elegans на основе детальных экспериментальных данных о строении нервной, сенсорной и мышечной систем
- 8. Тема: Исследования по математической лингвистике и анализ социальных сетей
- 9. Проект Немецкого исследовательского сообщества “Технологии экспертной поддержки пользователей в рамках когнитивных технических систем”
| Международные научные связи ИСИ СО РАН за 2014 год
Календарь зарубежных командировок по странам
Прием иностранных специалистов: 1. Доктор Стефан Леру, Университет г. Дармштадт, Германия 27.07 – 30.08.2014 г., визит для совместной работы в рамках проекта Евросоюза по вычислимому анализу PIRSES-GA-2011- 294962 COMPUTAL Проведенные мероприятия:
2. Франц Браузе, аспирант Университета Триер, г. Триер, Германия 29.09 – 20.10.2014 г., визит для совместной работы в рамках проекта Евросоюза по вычислимому анализу PIRSES-GA-2011- 294962 COMPUTAL
Организация международной конференции Была организована и успешно проведена в Санкт-Петербурге с 24 по 27 июня 2014 г. Девятая Ершовская конференция по информатике PSI’14 (http://psi.nsc.ru) Список иностранных участников конференции:
Участие в международных программах сотрудничества, зарубежные гранты: 1. Тема: Анализ Вычислимости (COMPUTAL) Иностранный партнер: Факультет Математики и Физики (Отделение Математики) Университета г. Любляна, Словения. Координаторы проекта: Проф. А.Бауэр Был предложен подход к пополнению онтологий из произвольно структурированных данных в рамках информационных систем Скотта. Было показано, что экземпляры классов и отношений онтологии, участвующие в процессе пополнения вместе с правилами пополнения и обработки данных образуют информационную систему Скотта. Следствием этого являются, в частности, простое доказательство завершаемости процесса пополнения и обоснование разрешения контекстно-зависимой неоднозначности экземпляров посредством вычисления информационных состояний экземпляров. 2. Проект EU (N PIRSES-GA-2011-294962) Computable analysis: theoretical and applied aspects Руководители: Дитер Шпреен (Университет Зигена, Германия), В.Л. Селиванов (ИСИ СО РАН), М.В. Коровина (ИСИ СО РАН) Установлены и исследованы базисные принципы применимости cигма-определимости для адекватной логической характеризации вычислимости над несчетными моделями и оценок сложности вычислимости в логических терминах. В численном и вычислимом анализе над действительными числами элементы модели, то есть действительные числа, формализованы бесконечными словами, состоящими из подходящих рациональных приближений, а вычисления являются бесконечными аппроксимационными процессами. Как следствие, за конечное число шагов невозможно установить, как равенство двух действительных чисел, так и равенство результатов вычисления. В соответствии с этим, в логической формализации действительных чисел, является естественным исключение равенства из базисного языка модели. Другим важным принципом является наличие формальных методов для описания результатов бесконечных вычислений на языке конечных формул. Это позволяет охарактеризовать сложные вычислительные процессы и оценить их сложность, используя подходы и методы математической логики, теории моделей, автоматического доказательства теорем. 3. Проект DFG (CAVER, грант No BE 1267/14-1) и РФФИ (грант No 14-01-91334) Руководители: И.Б. Вирбицкайте (ИСИ СО РАН), А. Бест (Ольденбургский университет, Германия) Для определения индексных множеств над непрерывными данными была разработана техника построения главных вычислимых нумераций эффективно открытых множеств и вычислимых функций над действительными числами. На языке индексных множеств охарактеризована сложность важных проблем над непрерывными данными. Для полиномиальных динамических систем разработан и реализован алгоритм построения траекторий за полиномиальное время. Определено и исследовано семейство трассовых эквивалентностей в интерливинговой, шаговой, частично-упорядоченной и недетерминированной семантиках в контексте временных безопасных сетей Петри. Разработаны унифицированные категорные характеризации поведенческой бисимуляции для временных причинных деревьев. Для расширения dtsiPBC мгновенными мультидействиями дискретно-временного стохастического исчисления боксов Петри (dtsPBC) с целью оценки производительности процессов произведен анализ их базовых полумарковских цепей, а также их полных и сокращенных дискретно-временных цепей Маркова. Определена шаговая стохастическая бисимуляционная эквивалентность процессных выражений, которая используется для редукции их систем переходов и соответствующих полумарковских цепей с сохранением функциональности и производительности. В прикладном примере системы с разделяемой памятью описан метод моделирования, оценки производительности и сохраняющей поведение редукции параллельных систем. 4. Тема: Алгоритмы и программный комплекс для анализа некодирующих РНК Иностранный партнер: St.Laurent Institute, Providence, RI. (Институт Сен-Лорента, Провиденс, США). Координаторы проекта: Джордж Сен-Лорент (США), Штокало Д.Н. (ИСИ СО РАН) Сроки: 20011-2017 С привлечением научно-исследовательского инструментария, разработанного ранее, проведена обработка 1.4 Tb данных секвенирования РНК нового поколения. Теоретически показана связь обнаруженных ранее протяженных некодирующих участков в межгенном пространстве (vlincRNA) с процессом индуцировки плюрипотентных стволовых клеток. Проведена дополнительная обработка полученных ранее 600 Gb данных секвенирования РНК нового поколения крови человека, найдены участки интронов теоретически обладающие функциональной значимостью. Подготовлена концепция программной части «биобанка» в интеграции с методами аналитической обработки. Предсказаны новые 4096 сайта редактирования РНК белком ADAR в мухе на основе проанализированных ранее данных секвенирования. 5. Тема: Программная платформа комплексного анализа экспериментальных данных системной биологии Иностранный партнёр: geneXplain GmbH (Вольфенбюттель, Германия) Координаторы проекта: к.б.н. Александр Кель (Германия), к.б.н. Колпаков Ф. А. (Институт системной биологии), к.ф.-м.н. Валеев Т.Ф. (ИСИ СО РАН) Сроки: 2012-2015 В 2014-м году продолжалась работа по развитию платформы BioUML и коммерческого пакета geneXplain на основе этой платформы. В рамках работы улучшен набор алгоритмов для поиска ключевых молекул (биомаркеров) и визуализации сигнальных путей в клетке, впервые представлена возможность количественно моделировать найденный сигнальный путь согласно закону действующих масс. Созданы новые методы анализа для обработки данных по сигнальным путям, выпущена версия продукта geneXplain 3.0. Выполнялась работа по грантам SYSCOL, MIMOmics в рамках Седьмой рамочной программы Европейского Союза. 6. Тема: Интерфейс и программные средства для поиска и анализа генетической информации с использованием баз данных компании Biobase Иностранный партнёр: Biobase, Wolfenbuttel. (Биобэйс, Вольфенбюттель, Германия, Беверли, США). Координаторы проекта: Дженифер Хоган (США), к.ф.-м.н. Черемушкин Е.С. (ИСИ СО РАН) Сроки: 2014-2015 Продолжена работа по созданию интерфейса для поддержки баз данных компании Биобэйс. Интерфейс вклучает в себя средства поиска релевантной биологической информации, а также средства анализа генетических последовательностей с целью выявления закономерностей. За основу взяты две существующие платформы: Proteome и ExPlain компании Biobase. Проводится интеграция алгоритмов из программной системы ExPlain в продукт Proteome, с последующей доработкой и рефакторингом продукта Proteome. Перенесенные алгоритмы включают в себя поиск сайтов связывания с транскрипционными факторами и их комплексов (match и CMA), а также поиск перепредставленных молекул (белков и простых молекул) на основе поданного пользователем списка генов и имеющейся в базе данных информации о сигнальных путях. 7. Тема: OpenWorm: создание действующей модели C. elegans на основе детальных экспериментальных данных о строении нервной, сенсорной и мышечной систем Иностранный партнер: OpenWorm (International). Принимают участие ученые из США, Италии, Ирландии, Англии и России. Координаторы проекта: Stephen Larson (США, University of California, San Diego), Пальянов А.Ю. (ИСИ СО РАН) Сроки: 2011-2015 В рамках международного проекта «OpenWorm» продолжалась работа по созданию методологии и алгоритмической базы, ориентированной на высокопроизводительные параллельные вычисления в области биофизики и нейробиологии, для разработки динамической компьютерной модели простейшего многоклеточного живого организма. В 2014 году были расширены функциональные возможности 3D-симулятора для решения задач моделирования в области биофизики живых систем, получившего название Sibernetic. 1. Функциональность Sibernetic расширена до уровня, позволившего реализовать модель тела C. elegans, в которой используется жидкость, как внутри организма, так и вне его – в составе симуляции окружающего физического мира. 2. Произведена отладка и тестирование Sibernetic на оборудовании GPU Radeon R290x (2816 потоковых процессоров). Произведено сравнений различных реализаций SPH и PCI SPH на ряде CPU и GPU. 3. На базе разрабатываемого симулятора Sibernetic создан прототип тела нематоды C. elegans нового поколения.
Сроки: 2013-2015 Предложены различные количественные характеристики, отношения и множества, которые могут быть вычислены или построены на основе информации, полученной из социальных сетей. Рассмотрены так называемый анализ предпочтений и теория динамического социального влияния Латане применительно к социальным сетям. Изучены методы, используемые при проведении психологических операций, и предложена формальная модель, основанная на модификации теории Латане. Даны определения различных множеств пользователей и функций, естественным образом возникающих при анализе лексики сообщений. Продолжено совершенствование программного комплекса, позволяющего извлекать и обрабатывать информацию из социальных сетей. 9. Проект Немецкого исследовательского сообщества “Технологии экспертной поддержки пользователей в рамках когнитивных технических систем” Иностранные партнеры: Институт искусственного интеллекта при факультете информатики университета г. Ульм, Германия Координаторы проекта: С. Биундо-Штефан (Ульм, Германия), А. Вендемут (Магдебург, Германия), участник от ИСИ СО РАН – Пономарев Д.К. Сроки: 2013 – 2017 Предложен новый механизм комбинирования онтологий на основе семантики импортирования, обеспечивающей частичное заимствование информации из внешних терминологических систем. Исследована сложность проблемы логического следования из онтологии с учетом импортируемых в нее внешних онтологий. Для дескриптивной логики EL показано, что сложность данной проблемы может варьироваться от PTIME до неразрешимости, в зависимости от топологии графа импортов. Полученные результаты позволяют понять, какие топологические свойства графов делают вывод алгоритмически неэффективным. Результаты дают основу для разработки указаний по комбинированию онтологий в рамках предложенного подхода. Разработан новый подход к автоматическому генерированию задач Иерархического Планирования с помощью логического вывода из онтологий, формализованных в Дескриптивной Логике. Разработаны техники для формализации коллекций действий с помощью онтологии и для автоматического вывода соответствий между коллекциями. Предложенный метод упрощает процесс формализации задач планирования для предметных областей с большим числом возможных действий и соответствий между ними. Подход открывает возможность для генерирования объяснений причинно-следственных связей между целями в задаче планирования и предлагаемыми решениями для их достижения на основе анализа доказательств формул, выводимых из онтологии. жүктеу/скачать 78.5 Kb. Достарыңызбен бөлісу:
|