Методические указания му 2569 -09 Издание официальное

1.3. ЭПИДЕМИОЛОГИЯ

Издание официальное

Москва -2009
Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот (МАНК) при работе с материалом, содержащим микроорганизмы
I-IV групп патогенности: Методические указания.- М.: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека,2009, -с.
1. Разработаны: Федеральным государственным учреждением науки
“Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии” Роспотребнадзора (В.И. Покровский, Г.А. Шипулин, И.Н. Манзенюк); Федеральным государственным учреждением здравоохранения “Российский научно-исследовательский противочумный институт “Микроб” Роспотребнадзора
(В.В. Кутырев, И.Н. Шарова, Н.А. Осина, В.Е. Куклев, С.А. Щербакова);
Федеральным государственным учреждением здравоохранения “Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт” Роспотребнадзора
(А.Н. Куличенко); Федеральным государственным учреждением науки “Государственный научно-исследовательский институт стандартизации и контроля медицинских и биологических препаратов им. Л.А. Тарасевича” Роспотребнадзора (Г.М. Игнатьев); Государственным научным центром вирусологии и биотехнологии “Вектор” Роспотребнадзора (И.Г. Дроздов, А.Н. Сергеев,
А.Н. Шиков, А.О. Семенцова, И.Н. Бабкина, В.А. Терновой, А.П. Агафонов);
Федеральным государственным учреждением здравоохранения “Федеральный центр гигиены и эпидемиологии” Роспотребнадзора (А.И. Верещагин,
М.В. Зароченцев, Т.В. Воронцова, Э.Ф. Опочинский).

2. Рекомендованы к утверждению Комиссией по санитарно-эпидемиологическому нормированию при Федеральной службе по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (протокол от 03 декабря 2009г. № 3).

3. Утверждены Руководителем Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Главным государственным санитарным врачом Российской Федерации Г.Г. Онищенко 22 декабря 2009г.

4. Введены в действие с “05 ” апреля 2009г.

5. Введены взамен:

- Методических указаний “Организация работы при исследованиях методом ПЦР материала, инфицированного микроорганизмами I-II групп патогенности” МУ 1.3.1794-03, Минздрав России, Москва, 2003;

- Методических указаний “Организация работы при исследованиях методом ПЦР материала, инфицированного патогенными биологическими агентами III-IV групп патогенности” МУ 1.3.1888-04 , Минздрав России, Москва, 2004;

- Методических указаний “Обеззараживание исследуемого материала, инфицированного бактериями I - IV групп патогенности, при работе методом ПЦР” МУ 3.5.5.1034-01, Минздрав России, Москва, 2001.

_____________ В.И. Покровский

_____________Г.А.Шипулин

______________ И.Н. Манзенюк

Содержание

1. 
   Область применения…………………………………………………………..…
   
2. 
   Нормативные ссылки…………………………………………………………....
   
3. 
   Общие положения…………………………………………………………….....
   
4. 
   Требования к организации работ…………………………………………….....
   
5. 
   Требования к помещениям и оборудованию лаборатории, выполняющей
   

6. 
   Требования к проведению работ…………………………………………….....
   
7. 
   Требования к защитной одежде………………………………………………...
   
8. 
   Требования к обработке помещений и обеззараживанию материала………..
   
9. 
   Контроль качества проводимых исследований………………………………..
   

лаборатории, использующей МАНК при работе с материалом,

содержащим микроорганизмы I – IV групп

патогенности……………………………………………………….

Приложение 2. Забор, предварительная обработка, хранение и перевозка

материала на исследование……………………………………….

Приложение 3. Список рекомендуемого оборудования

(расходных материалов) и его примерное размещение в

рабочих зонах (помещениях) лаборатории, использующей

МАНК в соответствии с этапами проведения анализа.……......

Приложение 4. Применение средств индивидуальной защиты в

рабочих зонах лаборатории, использующей МАНК при работе

с микроорганизмами I-II групп патогенности…………………..

Приложение 5. Порядок обработки и обеззараживания исследуемого

материала, содержащего (подозрительного на содержание)

микроорганизмы I-IV групп патогенности, при проведении

работ с использованием амплификационных

технологий…………………………………………………………

Приложение 6. Порядок обеззараживания и утилизации отработанного

исследуемого материала и отходов после проведения

исследований. Обработка рабочей одежды……………….…….

Приложение 7. Действия при контаминации лаборатории,

использующей МАНК, нуклеиновыми кислотами

и ампликонами....................................................................……….

УТВЕРЖДАЮ

Руководитель Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Главный государственный санитарный врач Российской Федерации

Г.Г.Онищенко

"22" декабря 2009г.

Дата введения: «05» апреля 2009г.

1.3. Эпидемиология

Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы

I - IV групп патогенности

Методические указания
МУ 1.3.2569 - 09

1. Область применения

1.1. Методические указания предназначены для специалистов лабораторий, выполняющих работы с использованием методов амплификации нуклеиновых кислот (МАНК) при исследовании материала, содержащего (подозрительного на содержание) микроорганизмы I - IV групп патогенности.

1.2. Юридические лица, независимо от организационно-правовых форм и форм собственности и индивидуальные предприниматели, осуществляющие деятельность, связанную с использованием возбудителей инфекционных заболеваний, должны иметь на нее лицензию. Деятельность каждого структурного подразделения (микробиологической лаборатории, цеха, производственного участка и т.п.), связанная с использованием ПБА I - IV групп, должна осуществляться на основании санитарно-эпидемиологического заключения (СП 1.3.1285-03; СП 1.3.2322-08)*.
__________________________________________________________________________________

* Зарегистрированы Минюстом России 15 мая 2003 г. N 4545; 21 февраля 2008 г. N 11197

1.4. Методические указания определяют принципы организации лаборато­рии и этапы проведения анализа с использованием МАНК: взятие проб, первич­ная обработка, хранение, условия перевозки, обеззараживание материала, выде­ление нуклеиновых кислот, проведение обратной транскрипции и (или) амплифи­кации, секвенирование продуктов амплификации, учет и регистрацию результа­тов исследования биологического материала, пищевых продуктов, материала из объектов окружающей среды.

1.5. Методические указания регламентируют деятельность персонала лабо­раторий при выполнении исследований с помощью МАНК, проводимых с ис­пользованием зарегистрированных в установленном порядке наборов реагентов и оборудования.

1. 
   Санитарно-эпидемиологические правила "Безопасность работы с мик­роорганизмами I - II групп патогенности (опасности)" СП 1.3.1285-03, Минздрав России, 2003.
   
2. 
   Санитарно-эпидемиологические правила "Безопасность работы с мик­роорганизмами III - IV групп патогенности (опасности) и возбудителями парази­тарных болезней" СП 1.3.2322-08, Федеральная служба по надзору в сфере защи­ты прав потребителей и благополучия человека, 2008.
   
3. 
   Санитарно-эпидемиологические правила "Порядок выдачи санитарно-эпидемиологического заключения о возможности проведения работ с возбудите­лями инфекционных заболеваний человека I - IV групп патогенности (опасности), генно-инженерно-модифицированными микроорганизмами, ядами биологическо­го происхождения и гельминтами" СП 1.2.1318-03, Минздрав России, 2003.
   
4. 
   Санитарно-эпидемиологические правила "Порядок учета, хранения, пе­редачи и транспортирования микроорганизмов I - IV групп патогенности" СП 1.2.036-95, Госкомсанэпиднадзор России, 1995.
   
5. 
   Санитарные правила и нормы "Правила сбора, хранения и удаления от­ходов лечебно-профилактических учреждений" СанПиН 2.1.7.728-99, Минздрав России, 1999.
   
6. 
   "Методические указания по детекции патогенной микрофлоры в клини­ческом материале, пищевых продуктах, объектах внешней среды и генетической идентификации клеток с помощью полимеразной цепной реакции" № 01-19/123-17 от 18.10.96, Госкомсанэпиднадзор России, 1996.
   
7. 
   Руководство "Использование ультрафиолетового бактерицидного излу­чения для обеззараживания воздуха в помещениях" Р 3.5.1904-04. М.: 2005.
   

3.1. Процесс амплификации основан на многократном увеличении числа копий фрагмента нуклеиновых кислот (ДНК/(кДНК)/РНК) или усилении сигнала в условиях in vitro, что позволяет обнаружить специфичный участок генома воз­будителя с целью его идентификации.

3.2. Методы амплификации нуклеиновых кислот: полимеразная цепная реакция (ПЦР), лигазная цепная реакция (ЛЦР), амплификация с удалением (вытеснением) цепи (SDA), транскрипционно – опосредованная амплификация (TMA), реакция амплификации на основе нуклеотидной последовательности нуклеиновых кислот (NASBA), реакция изотермальной транскрипционной амплификации (TAS), самоподдерживающаяся реакция репликации последовательностей (SSSR или 3SR), амплификация с использованием QB-репликазы, амплификации по типу катящегося кольца (RCA) и т.д.

3.3. Методы амплификации сигнала: сигнальная амплификация или метод «разветвленной» ДНК (bDNA assay), прямой гибридизационный анализ на основе РНК/ДНК-зондов и т.д.

3.4. Разновидности полимеразной цепной реакции: с “горячим” стартом (hot-start PCR), мультиплексная (мультипраймерная), гнездовая (“вложенная”, nested PCR,), “инвертированная”, ассиметричная, метод молекулярных колоний, длинных фрагментов (Long-range PCR), с быстрой амплификацией концов кДНК (RACE-PCR), универсальная (broad-range PCR), с обратной транскрипцией
(ОТ-ПЦР, RT-PCR), иммуно-ПЦР (immuno-PCR-IPCR), в режиме “реального времени” (Real-Time PCR), анализ “по конечной точке” (End-point PCR) и т.д.

3.5. Форматы амплификации нуклеиновых кислот в режиме “реального времени”:

- с применением интеркалирующих флуоресцентных красителей;

- использование меченых флуоресцентными красителями олигонуклеотидных зондов, комплементарных участку ампликона (гибридизационно-флуоресцентная детекция), работающих по принципу: гидролиза зондов (линейно разрушаемые зонды (TaqMan), зондов с инвертированным концевым повтором (молекулярные “маячки”, molecular beacons), праймер – зондов (“скорпионы”, Scorpions), гибридизации зондов (с резонансным переносом энергии (FRET-технология)), “амплифлюр”(Amplifluor) - технологии и т.д.

3.6. Методы исследования, использующие продукты амплификации нуклеиновых кислот: секвенирование, ДНК – чипы, рестрикционный анализ.

3.7. Методы детекции продуктов амплификации нуклеиновых кислот:

- электрофоретический (в агарозном или полиакриламидном геле);

- гибридизационно - ферментный;

- гибридизационо – флуоресцентный (детекция продукта в режиме “реального времени” или регистрация продукта после окончания реакции амплификации (“анализ по конечной точке”)).

3.8. Форматы исследования: качественный, количественный.

3.9. Основные характеристики наборов реагентов, используемых для проведения амплификации нуклеиновых кислот микроорганизмов I - IV групп патогенности: аналитическая чувствительность, аналитическая специфичность, диагностическая чувствительность, диагностическая специфичность, воспроизводимость.

3.10. Методы амплификации нуклеиновых кислот микроорганизмов I - IV групп патогенности используют:

- как метод экспресс-диагностики при исследовании биологического материала, взятого от человека с целью выявления у него ДНК (РНК) микроорганизмов I - IV групп патогенности и их количественной оценки;

- как метод специфической индикации патогенных биологических агентов в объектах окружающей среды и пищевых продуктах;

- как ускоренный предварительный тест при выполнении культурального и биологического методов исследования и для идентификации культур;

- для определения эпидемиологической значимости изолятов на основании выявления генетических маркеров вирулентности и патогенности, антибиотикоустойчивости;

- для таксономической характеристики штаммов на основании выявления специфических видовых, родовых и других маркеров;

- для генотипирования штаммов с целью определения их происхождения;

- для прогнозирования течения инфекционного заболевания и оценки эффективности проводимой терапии.

3.11. По результатам анализа выдают ответ о наличии (качественный или количественный анализ) в пробе специфических фрагментов ДНК или РНК, имеющих гомологию с определенным участком генома возбудителя инфекционного заболевания, а также о наличии в исследуемом материале генетических маркеров или генетически модифицированных ДНК.

4.2. Данные исследования проводят в организациях, имеющих лицензию на деятельность, связанную с возбудителями инфекционных заболеваний человека, в лабораториях, имеющих санитарно-эпидемиологическое заключение о возможности проведения данных работ, выданных в установленном порядке.

4.3. Противоэпидемический режим работы лаборатории должен быть обеспечен в соответствии с СП 1.3.1285-03 и (или) СП 1.3.2322-08, регламентирующих работу с микроорганизмами I - II и III-IV групп патогенности, соответственно.

4.4. Допускается проведение исследований биологического материала (без предварительного накопления возбудителя) на наличие ДНК (РНК) возбудителей бруцеллеза, парентеральных вирусных гепатитов, ВИЧ-инфекции в лаборатории, имеющей санитарно-эпидемиологическое заключение о возможности проведения работ с возбудителями III-IV группы патогенности (с указанием конкретных видов микроорганизмов), выданное в установленном порядке.

4.4.1. В лаборатории, имеющей санитарно-эпидемиологическое заключение о возможности проведения работ с возбудителями III-IV группы патогенности, допускается исследование биологического материала, подозрительного на инфицирование микроорганизмами II группы патогенности только в тех случаях, для которых разработаны и утверждены нормативные документы, регламентирующие порядок проведения таких исследований в условиях данной лаборатории.
5. Требования к помещениям и оборудованию лаборатории, выполняющей молекулярно-биологические диагностические исследования
5.1. При строительстве новых или реконструкции имеющихся помещений лабораторию размещают в отдельно стоящем здании (изолированной части здания, этажа) с соблюдением требований СП 1.3.1285-03 и (или) СП 1.3.2322-08.

5.2. При отсутствии возможности размещения помещений лаборатории в виде отдельного блока допускается проведение исследований поступающего материала на базе действующей лаборатории (микробиологической, вирусологической, иммунологической и т.д.) при условии организации в ней самостоятельных или выделенных в составе других функциональных помещений рабочих зон, соответствующих этапам проведения анализа, поточности движения персонала и материалов.

5.3. Помещения лаборатории должны быть боксированными (боксы с предбоксами), соответствующим образом промаркированы (нумерация или название рабочих зон) и оборудованы приточно-вытяжной вентиляцией, водопроводом, канализацией, электричеством и отоплением, средствами пожаротушения, естественным и искусственным освещением и быть непроницаемыми для грызунов и насекомых.

5.4. Внутреннюю отделку помещений осуществляют кафелем (пол, стены) или краской (стены, потолок), устойчивой к действию моющих и дезинфицирующих средств, поверхности стен, пола и потолка в лабораторных помещениях должны быть гладкими, без щелей, легко обрабатываемыми.

5.5. В помещениях рабочих зон должны быть установлены бактерицидные лампы. Расчет режима работы бактерицидных ламп проводят в соответствии с Руководством “Использование ультрафиолетового бактерицидного излучения для обеззараживания воздуха в помещениях” Р 3.5.1904-04. М.: 2005.

5.6. Окна должны быть плотно закрыты, возможно, использование светозащитных пленок из материала, устойчивого к действию используемых дезинфицирующих средств. Использование жалюзи (из-за адсорбции ими пыли) запрещено.

5.7. Архитектурно - планировочные решения и размещение оборудования должны обеспечивать поточность движения исследуемого материала.

5.8. Лаборатория в соответствии с этапами проведения анализа должна включать следующий набор последовательно расположенных самостоятельных рабочих зон (помещений) или отдельно выделенных рабочих зон в составе других функциональных помещений, количество которых определяется используемыми МАНК (Приложение 1):

- приема, регистрации, разбора и первичной обработки материала (Рабочая зона 1);

- выделения нуклеиновых кислот (Рабочая зона 2);

- проведения реакции амплификации и учета ее результатов при использовании гибридизационо – флуоресцентного метода детекции (Рабочая зона 3);

- учета результатов реакции амплификации нуклеиновых кислот методом электрофореза и (или) гибридизационно - ферментным методом детекции (Рабочая зона 4-1);

- учета результатов (детекции) продуктов амплификации нуклеиновых кислот методом секвенирования и (или) на ДНК-чипах (Рабочая зона 4-2).

5.8.1. В состав лаборатории могут быть включены вспомогательные помещения (комнаты персонала, кабинет заведующего лабораторией, раздевалки для сотрудников, комната приема пищи, туалет, подсобные (складские) помещения), которые должны быть вынесены за пределы рабочей зоны.

5.8.2. Вспомогательные помещения должны располагаться отдельно от рабочих зон (помещений) в соответствии с действующими санитарными правилами, регламентирующих обеспечение безопасности работ с микроорганизмами I-IV группы патогенности.

5.8.3. Необходимо предусмотреть наличие автоклавной комнаты для обеззараживания исследуемого материала, которая может быть общей с другими подразделениями учреждения при условии соблюдения требований биологической безопасности.

5.9. В Рабочей зоне 1 осуществляют прием материала, его маркировку, регистрацию в специальном журнале, первичную подготовку (концентрирование материала путем центрифугирования, фильтрации, иммуносорбции, суспендирование, перевод сухих и плотных материалов в жидкую фазу и т.д.), объединение или разделение проб на аликвоты, обеззараживание и хранение проб, обеззараживание остатков исследуемого материала.

5.9.1. Допускается проведение в Рабочей зоне 1 приема, регистрации, разбора и первичной обработки материала, исследуемого другими методами диагностики (бактериологическими, вирусологическими, иммунологическими и т.д.).

5.9.2. При работе с микроорганизмами I-II групп патогенности допускается размещение Рабочей зоны 1 в помещениях блока для работы с инфицированными животными.

5.10. В Рабочей зоне 2 проводят выделение и очистку нуклеиновых кислот микроорганизмов из проб, подготовленных в Рабочей зоне 1.

5.11. В Рабочей зоне 3 осуществляют приготовление реакционных смесей, проведение обратной транскрипции, амплификации нуклеиновых кислот и учет результатов амплификации при использовании гибридизационо – флуоресцентного метода детекции.

5.11.1. Приготовление реакционных смесей для проведения обратной транскрипции и амплификации нуклеиновых кислот осуществляют до доставки в Рабочую зону 3 проб, подготовленных в Рабочей зоне 2.

5.11.2. Рекомендуется разделить Рабочую зону 3 на две подзоны (3а и 3б) и разместить их в отдельных помещениях. В подзоне 3а осуществляют приготовление реакционных смесей и проведение обратной транскрипции. В подзоне 3б проводят амплификацию нуклеиновых кислот и учет результатов амплификации при использовании гибридизационо – флуоресцентного метода детекции.

5.11.3. При необходимости, возможно совмещение Рабочей зоны 2 и Рабочей зоны 3 в одном помещении при наличии в нем отдельных боксов биологической безопасности II или III класса для каждой из рабочих зон.

5.12. Рабочие зоны 4-1 и 4-2 располагают изолировано от Рабочих зон 1-3 для предотвращения их контаминации продуктами амплификации через воздушный поток.

5.12.1. Рабочая зона 4-1 предназначена для учета результатов продуктов амплификации нуклеиновых кислот методом электрофореза и (или) гибридизационно - ферментным методом детекции, а также очистки продуктов амплификации для секвенирования.

5.12.2. Рабочая зона 4-2 предназначена для учета результатов (детекции) продуктов амплификации нуклеиновых кислот методом секвенирования и (или) на ДНК-чипах.

5.12.3. При использовании различных методов учета результатов (детекции) продуктов амплификации нуклеиновых кислот (электрофорез, гибридизационно-ферментативный анализ, секвенирование и ДНК-чипы) в Рабочих зонах 4-1 и 4-2 выделяют отдельные рабочие подзоны или отдельные боксированные помещения (отдельные изолированные помещения) для каждого типа детекции. Объединение Рабочих зон 4-1 и 4-2 запрещено.

5.13. Помещения лаборатории оборудуют приточно-вытяжной вентиляцией в соответствии с СП 1.3.1285-03 и (или) СП 1.3.2322-08.

5.13.1. В Рабочей зоне 3 объем приточного воздуха должен соответствовать объему на вытяжке.

5.13.2. В Рабочих зонах 1 и 2 вытяжка должна преобладать над притоком.

5.13.3. Рабочие зоны 4-1 и 4-2 рекомендуется оборудовать автономной системой приточно-вытяжной вентиляции. Вытяжка должна преобладать над притоком.

5.13.4. При разделении зоны 3 на подзоны 3а и 3б, приточно-вытяжная вентиляция в них должна быть выполнена в соответствии с п.5.13.1. для подзоны 3а и п.5.13.2. для подзоны 3б.

5.13.5. В условиях жаркого климата разрешается установка кондиционеров в помещениях рабочих зон лаборатории, при условии их выключения на время проведения работ с использованием МАНК, с последующей дезинфекционной обработкой рабочего места.

5.14. Каждая самостоятельная рабочая зона должна быть оснащена минимальным набором соответствующего лабораторного оборудования в зависимости от их функционального назначения и риска контаминации (Приложение 3), необходимым комплектом мебели, пластиковой и стеклянной посуды, расходных материалов, защитной одежды и уборочного инвентаря, используемых только в данном помещении.

5.14.1. Необходимый комплект лабораторного оборудования определяют с учетом используемых МАНК.

5.14.2. Лабораторная мебель, оборудование и принадлежности каждой рабочей зоны должны иметь маркировку указанной зоны (помещения), их применение в других рабочих зонах (помещениях) или для других видов исследований не допускается.

5.14.3. Лабораторная мебель, поверхность используемого оборудования должны быть устойчивы к действию моющих и дезинфицирующих средств, ультрафиолетового излучения, поверхность столов не должна иметь трещин и швов.

5.15. Оборудование и измерительные приборы, используемые в работе лаборатории, должны быть зарегистрированы в установленном порядке и исправны, иметь технический паспорт и рабочую инструкцию по эксплуатации, соответствовать нормам безопасности и электромагнитной совместимости. Не реже 1 раза в год измерительные приборы должны подвергаться метрологическому контролю (поверке).

5.16. Лаборатория должна быть обеспечена аптечкой стандартной комплектации для оказания первой медицинской помощи при авариях в соответствии с действующими санитарными правилами, регламентирующими безопасность работ с микроорганизмами I-IV групп патогенности.