Участие почвенных микроорганизмов

Национальный исследовательский университет

Ладыгина Г.Н.

(электронное учебное пособие)

Мероприятие 1.2. Совершенствование образовательных технологий, укрепление материально-технической базы учебного процесса

Направления: 020200.62 – биология, 020800.62 – экология и природопользование

2010

1. 
   Среды обитания бактерий 3
   
2. 
   Система циклов основных биогенных элементов в биосфере 8
   
3. 
   Превращения соединений углерода 12
   
4. 
   Превращения одноуглеродных соединений 16
   
5. 
   Превращения безазотистых органических соединений 22
   
6. 
   Захороненный углерод и его мобилизация 28
   
7. 
   Образование и окисление водорода 29
   
8. 
   Круговорот азота 32
   
9. 
   Биологическая фиксация азота 33
   
10. 
    Аммонификация 34
    
11. 
    Нитрификация. 38
    
12. 
    Денитрификация 39
    
13. 
    Превращения фосфора 40
    
14. 
    Минерализация фосфорорганических соединений 43
    
15. 
    Мобилизация неорганических соединений фосфора 44
    
16. 
    Круговорот серы 45
    
17. 
    Превращения калия 50
    
18. 
    Превращения железа 52
    
19. 
    Превращения марганца 54
    
20. 
    Превращения алюминия 55
    
21. 
    Другие элементы 57
    
22. 
    Биологические процессы в почвообразовании 60
    
23. 
    Разложение растительных остатков и формирование подстилки 61
    
24. 
    Образование и разложение гумуса 64
    
25. 
    Участие почвенных микроорганизмов. В разрушении и новообразовании минералов 69
    

СРЕДЫ ОБИТАНИЯ БАКТЕРИЙ

Бактерии обнаруживаются в большинстве природных сред обитания. Клетки наиболее мелких бактерий имеют в диаметре около 0,3 микрона (0,0003 мм).

В природе бактерии занимают огромное множество экологических ниш. Микроорганизмы встречаются в любом месте нашей планеты, исключение составляют лишь кратеры действующих вулканов и небольшие площадки в эпицентрах взорванных атомных бомб. Микрофлора существует и развивается в Антарктике с ее сверхнизкими температурами, в кипящих гейзерах, в соляных бассейнах, на горных вершинах при сильной инсоляции, в средах с резкими колебаниями кислотности и др. Эти разнообразные среды обитания существуют миллионы лет и не удивительно, что микроорганизмы смогли приспособиться к жизни в столь вариабельных условиях. Это произошло не только потому, что микроорганизмы  самая древняя форма жизни на Земле, но и потому, что продолжительность жизни одного поколения микроорганизмов несравненно меньше, чем у всех других организмов.

Огромное количество поколений бактерий прошло под действием времени и изменившихся условий среды и, естественно, эволюционная шлифовка их проведена очень тщательно. Микроорганизмы не только приобрели удивительную способность приспосабливаться к условиям внешней среды, но и в некоторых случаях могут приспосабливать эту среду к своим требованиям: подкислять или нейтрализовать и т.д. Микроорганизмы способны даже поддерживать температуру в определенных пределах.

Благодаря своим поразительным адаптационным способностям, микроорганизмы приспосабливаются к новым условиям существования, появившимся в результате деятельности человека. Микроорганизмы не гибнут даже в условиях глубокого вакуума и при сверхнизких температурах. Они способны выдерживать пребывание в вакуумной камере при давлении 10^-9 мм рт. столба с температурой от -40˚ до -160˚С в течении 500 часов. Более того, их можно обнаружить в охлаждающих водных контурах атомных реакторов при невиданных в природе условиях радиации  500 и более рентген в час.

Бактерии по способности противостоять высоким температурам, давлению и радиоактивному излучению оставляют далеко позади себя остальные формы жизни. Условия гидростатического давления в самых глубинных точках Мирового океана составляют 1100 атм (Мариинская впадина). Но даже там обнаруживаются представители мира микроорганизмов. Некоторые бактерии выдерживают давление 3000 атм в течение нескольких часов без потери жизнеспособности.

Известно немало микроорганизмов, которые при недостатке питательных веществ и других неблагоприятных условиях образуют покоящиеся формы в виде спор или цист. В этом состоянии они могут находиться сотни и даже тысячи лет в ожидании хороших условий.

Одной из природных сред обитания являются другие живые организмы. При этом микроорганизмы могут выступать как в роли паразитов, так и в роли организмов, выполняющих полезные функции. Например, огромный объем работы по переработке растительной пищи в желудке (рубце) жвачных животных проводят микроорганизмы, т.к. только эти уникальные организмы способны превращать целлюлозу в глюкозу, синтезировать витамины.

Множество бактерий вступают в симбиотические отношения с растениями. Некоторые из них поселяются на листьях (эпифиты) и через устьица обмениваются факторами роста с растениями, другие, поселяясь на поверхности и в тканях корней (бактерии ризоплана, клубеньковые) снабжают растениями биологически активными веществами и помогают усвоению азота. На 1 грамм сухого веса корней приходится до 1 млрд бактерий азотфиксаторов.

Кишечник человека также заселен множеством бактерий  до 500 видов. Важнейшими положительными функциями обладают молочнокислые бактерии. Они образуют молочную кислоту, создавая тем самым неблагоприятные условия для развития гнилостных и болезнетворных бактерий. Молочнокислые бактерии и некоторые виды кишечной палочки продуцируют для макроорганизма необходимые витамины (В₁, В₆) и незаменимые аминокислоты (лизин, метионин).

Главный парадокс жизни, по мнению М.М. Камшилова (1974) заключается в том, что ее непрерывность обеспечивается процессами распада, деструкцией. Разрушаются сложные органические соединения, освобождается энергия, теряется запас информации, свойственный сложно организованным живым телам. В результате деятельности деструкторов, любая форма жизни неизбежно будет включаться в биотический круговорот. Поэтому с их помощью осуществляется естественная саморегуляция биосферы.

Три свойства позволяют микроорганизмам играть столь важную роль:

-- убиквитарность, или вездесущность

-- возможность сравнительно быстро приспосабливаться к различным условиям;

-- способность использовать в качестве источника углерода и энергии самые различные субстраты.

Конечное деструктивное звено – минерализация органических веществ с возвратом СО₂ в атмосферу, в наземных экосистемах, осуществляется в почвенном покрове Земли за счет деятельности почвенных микроорганизмов. При минерализации органики в атмосферу кроме СО₂ возвращаются еще СН₄ – метан, водород – Н₂ , угарный газ – СО, Н₂S – сернистый газ, N₂O – закись азота, N₂ – азот. Таким образом, роль почвенных микроорганизмов проявляется не только в деструкции органики, но также в контроле газового состава атмосферы, климата и преобразовании литосферы.

Не менее грандиозные по масштабам процессы протекают и в Мировом океане, но наши представления об их деталях недостаточно полны.

Сложившиеся в естественных условиях микробные ценозы и ассоциации утилизируют те или иные естественные природные субстраты в адекватной химической среде. Любое изменение тех или иных элементов среды приводит к интенсификации или угнетению процессов жизнедеятельности микроорганизмов. Вносимые человеком в почву высокие концентрации различных веществ не только губительны для значительной части популяций микробов, но и обладают селективным эффектом, в результате чего в среде начинают преобладать резистентные к токсикантам штаммы, а естественный ход геохимических процессов нарушается. Достаточно красочной моделью подобной ситуации может служить динамика почвенной микрофлоры на площадках складирования отходов нефтепереработки, или состояние микробоценозов земель сельскохозяйственного назначения долгое время подвергавшиеся обработке минеральными удобрениями в комплексе с регулярной распашкой. Выявлять и наблюдать поврежденные территории позволяет система биомониторинга.

Биоэкологический мониторинг подразумевает использование биологических объектов, и бактерий в том числе, для индикации состояния экосистем. Так, например, известно, что определенный уровень биоразнообразия бактериопланктона может отражать степень трофности водоема, а индикаторные виды бактерий могут характеризовать и санитарное состояние водоема. Доминирующие виды бактерий, обнаруживаемых в воздухе, могут быть индикаторами территорий риска с повышенными концентрациями различных химических соединений, в том числе и токсичных для человека.

В общем курсе микробиологии студенты, как правило, знакомятся с различными аспектами деятельности микроорганизмов. Изучаются процессы утилизации белковой и небелковой органики, физиологическая роль микробов в жизни макроорганизмов. Достаточно полно обучающиеся знакомятся с методами исследования различных субстратов. К сожалению, большее внимание на лабораторных занятиях приходится уделять задачам санитарно-гигиенического плана. Вместе с тем, практика показывает, что сегодня необходимы знания и навыки исследования микроорганизмов в природных биосистемах.

Предпринятые на кафедре попытки участия студентов в проведении микробиологического мониторинга озер Пустынского заказника оказались вполне успешными и позволили наглядно и увлекательно пробудить интерес студенческой аудитории к подобным исследованиям. Сегодня наряду с традиционными медико-гигиеническими проблемами, решаемыми студентами в процессе выполнения курсовых и дипломных работ появились исследования экологической тематики. Такой интерес позволяет привлечь внимание студентов и к проблемам функционирования микробоценозов, позволяющих формировать и интенсифицировать разнообразные процессы в экосистемах. Сегодня, на наш взгляд, является целесообразным формировать интерес к подобным задачам уже в рамках общего курса микробиологии.

СИСТЕМА ЦИКЛОВ ОСНОВНЫХ БИОГЕННЫХ ЭЛЕМЕНТОВ В БИОСФЕРЕ

Связь между биогеохимическими циклами в биосферной системе осуществляется серией частных реакций в этих циклах. Система биогеохимических циклов (рис. 1) определяется ведущим циклом органического углерода C_орг и сопряженными с ним в эквимолекулярном отношении 1:1:1 циклами углекислоты CO₂ и кислорода O₂. Эквимолярное соотношение между этими циклами следует из хорошо известного уравнения, описывающего фотосинтез (слева направо) и дыхание (в обратном направлении):

CO₂ + H₂O ↔ [CH₂O] + CO₂.
Цикл органического углерода обусловлен: 1) первичной продукцией за счет использования внешней солнечной энергии, прежде всего фотоавтотрофными оксигенными организмами (цианобактериями, водорослями, растениями), и в небольшой степени хемоавтотрофами – за счет поступления эндогенного водорода в газогидротермах, 2) деструкцией, осуществляемой органотрофными организмами, аэробными и анаэробными. Деструкционная ветвь цикла органического углерода наиболее сложна, и поэтому ее следует рассмотреть подробнее отдельно, ознакомившись с общими принципами организации участия сообществ микробов в циклах. Конечным продуктом деструкции служит углекислота, замыкающая цикл органического углерода и сопрягающая его с циклом неорганического углерода и циклом кислорода.

Цикл органического углерода дополняется циклом азота N, в котором азот входит в органические соединения в соотношении C:N = 6:1, а также происходят превращения неорганических форм азота. Цикл азота с его этапами – азотфиксацией, аммонификацией, нитрификацией, денитрификацией – целиком определяется деятельностью бактерий.

Первичное поступление кальция и магния в биологические циклы связано с циклом кремния Si и химическим выветриванием силикатных изверженных пород, идущим, вообще говоря, под воздействием углекислоты, но ускоряемым примерно в 100 раз под воздействием микроорганизмов и продуктов их обмена в биологически опосредованных процессах. Выщелачивание обусловливает поступление в водную фазу микроэлементов.

С циклом органического углерода сопрягается цикл серы S в катализируемых только бактериями реакциях сульфат- и сероредукции (сульфидогенеза), окисления соединений серы аноксигенными фототрофными и аэробными хемотрофными организмами. В биогеохимическом цикле серы участвуют следующие формы соединений серы, создающие значительные резервуары: 1) сульфаты, преимущественно сульфаты моря; 2) сульфиды, в виде растворенного сероводорода H₂S и нерастворимых сульфидов металлов, частично эндогенного (вулканического) и в основном экзогенного (биогенного) происхождения; 3) сера, в значительной части эндогенного происхождения. Разнообразные промежуточные соединения неполного окисления серы, как тиосульфат или S₂O, проявляются в транзитных формах и в незначительной концентрации, не образуя резервуары. В цикле серы бактерии осуществляют окисление сероводорода и сульфидов либо при фотосинтезе, либо за счет внешних доноров электрона.

Цикл железа Fe сопрягается с циклом кислорода деятельностью аэробных железобактерий, окисляющих закисное железо в гидрат окиси железа, и с циклом органического углерода деятельностью железоредуцирующих бактерий, образующих восстановленное железо и магнетит. Цикл железа связан с циклом серы через образование сульфидов железа и их окисление бактериями.

Биогеохимическая машина планеты представляется системой взаимосвязанных циклов элементов. Эти циклы действуют как в планетарном масштабе, так и в конкретных ландшафтах-экосистемах. Общим правилом служит тезис «циклы в циклах», действующий на всех иерархических уровнях.

Итак, интересы микробиологии четко разделяются на три области.

1. 
   Биология прокариотной клетки как простейшей единицы живого мира рассматривает универсальные, свойственные всем бактериям свойства. Она основывается на знании путей метаболизма в цитозоле, биоэнергетики мембран, механизма синтеза белков на рибосоме, генетики и генома. В отличие от биохимиков и молекулярных биологов микробиологи имеют дело с микробной клеткой как организованной единой системой, представляющий целостный организм с его реакциями, обусловленными взаимодействием компонентов клетки.
   
2. 
   Разнообразие микробного мира охватывает множество видов микроорганизмов в их функциональном и филогенетическом упорядочении. Характеристики множества разных бактерий составляют комбинаторную матрицу, основанную на разнообразии осуществляемых бактериями химических реакций, включая пути обмена с набором соответствующих ферментов и с транспортными механизмами; физических характеристиках – морфологии, жизненных циклах, адаптационных механизмах; генетических свойствах. Главным методом изучения разнообразия бактерий служит чистая культура микроорганизма в контролируемых условиях. Эта область находится в руках исключительно микробиологов и требует эвристического подхода к поиску, опознанию, культивированию, описанию, классификации множества организмов на основе сравнительного подхода. Изучение поведения вида микроорганизма в местообитаниях дает сведения о его аутэкологии.
   
3. 
   Природоведческая микробиология рассматривает деятельность микроорганизмов в природе. Центральным объектом исследования является микробное сообщество как система взаимодействующих между собой разнообразных организмов. Сообщество функционирует в экосистеме, реализующейся в ландшафте. К изучению сообщества есть два пути: один, основанный на определении состава сообщества, взаимодействий в нем, путей метаболизма, организмов ответственных за ключевые реакции, или второй – «бескультурный», где культура не используется, а описываются суммарные процессы химическими методами в рамках синэкологии. В определенной части синэкологическая микробиология сливается с биогеохимией и геобиофизикой, предоставляющих знания о химических, минералогических, транспортных процессах, геологической среде обитания микробного сообщества.
   

ПРЕВРАЩЕНИЯ СОЕДИНЕНИЙ УГЛЕРОДА

В цикле углерода можно выделить два важнейших звена, имеющих планетарные масштабы и связанных с выделением и поглощением кислорода: 1) фиксация СО₂ в процессе фотосинтеза; 2) минерализация органических веществ с выделением СО₂. Первый процесс совершается в основном растениями и обеспечивает выделение кислорода в атмосферу. Второй производится микроорганизмами и идет, как правило, с поглощением кислорода (рис. 4).

Фотосинтетическое связывание углерода и перевод его в органические соединения производится главным образом растениями и водорослями путем вовлечения в биосинтетические процессы СО₂ из атмосферы. Накопленное этими организмами органическое вещество затем перерабатывается на разных уровнях жизни консументами и редуцентами. К первым принадлежат в основном животные, ко вторым – грибы и бактерии. Последовательность этих событий выражается в трофических цепях, или цепях питания.

Конечное, деструктивное, звено этой цепи – минерализация органических веществ с возвратом СО₂ в атмосферу – осуществляется в почвенном покрове Земли за счет деятельности гетеротрофных микроорганизмов. Около 90% образующейся из органических веществ углекислоты «микробного происхождения» и только 10% приходится на долю дыхания высших организмов и деятельности человека. При этом в аэробных условиях грибы дают 2/3, а бактерии 1/3 СО₂. Часть органического вещества закрепляется в почве в форме гумуса.
Помимо глобального процесса круговорота углерода, состоящего из синтеза и минерализации органических веществ, почва участвует в обмене многими газами с атмосферой. При минерализации органических веществ в атмосферу возвращаются помимо СО₂ еще СН₄, H₂, CO, H₂S, NO₂, N₂ и др. (рис.2).

Превращения органических веществ и обмен газообразных продуктов микробного метаболизма сопровождается взаимодействием почвенных

Рис. 2 Схема катаболической системы микробного газообмена (по Заварзин, 1984)

микроорганизмов с первичными и вторичными минералами почвы. По своему значению для биосферы этот процесс сопоставим с фотосинтезом и фиксацией молекулярного азота, так как минеральные элементы, первоисточник которых находится в литосфере, необходимы для жизни всех организмов на Земле. В процессе почвообразования происходит разрушение минералов породы и извлечение элементов, которые поступают в обменные реакции биосинтеза. Без снабжения растений из почвы такими элементами, как фосфор и калий, поступающими из минералов, было бы невозможно создание первичной растительной продукции. Разрушение минералов происходит частично под влиянием корневых систем растений, но в наибольшей степени оно осуществляется в результате жизнедеятельности почвенных микроорганизмов, которые образуют органические и минеральные кислоты, щелочи, а также выделяют во внешнюю среду синтезированные ими ферменты, полисахариды, фенольные соединения. Эти вещества прямо или косвенно взаимодействуют с минералами, разрушая кристаллические решетки, образуя комплексные соединения, переводя элементы из одной формы в другую с изменением валентности и подвижности.

Таким образом, роль почвенных организмов проявляется не только в деструкции органической массы растений и животных, но также в контроле газового состава атмосферы и преобразовании литосферы, граничащей с почвой.

Высокая активность и огромные масштабы совершаемых микроорганизмами планетарных превращений веществ обусловлены их огромной численностью, повсеместным распространением, необычайной скоростью роста и разнообразием метаболических процессов.

Специфические потребности микроорганизмов в источниках питания, факторах роста или микроэлементах делают их удобными объектами для использования в качестве биологических индикаторов, например, при определении потребности почвы в удобрениях, при количественном анализе содержания витаминов или микроэлементов в почве. Впервые на свойства микроорганизмов как химических реактивов обратил внимание В. Л. Омелянский. В 1906 г. он написал статью «О применении бактериологического метода при химическом исследовании», в которой отметил две особенности микроорганизмов как биологических индикаторов, их высокую специфичность и исключительную чувствительность.

Рис.3. Основные резервуары (10¹⁵ г) и глобальные потоки соединений углерода (Заварзин, 1984, 10¹⁵ г./год)

ПРЕВРАЩЕНИЯ ОДНОУГЛЕРОДНЫХ СОЕДИНЕНИЙ
Из одноуглеродных соединений наибольшее значение на нашей планете имеет СО₂, так как из углекислоты создается вся первичная органическая продукция. В атмосфере содержится около 0,03% СО₂; в почвенном воздухе — на порядок больше. Биологическое связывание углекислоты происходит в процессах фотосинтеза, хемосинтеза гетеротрофной фиксации. Фотосинтез идет в основном в наземном слое биосферы, два последних процесса — преимущественно в почве.

Фотосинтез. Фиксация СО₂ в фотосинтезе происходит за счет световой энергии СО₂+Н₂О+hv - (СН₂О)n+О₂. К фотосинтетикам принадлежат высшие растения, водоросли, пурпурные и зеленые бактерии, цианобактерии. Указанное выше уравнение справедливо для растений, водорослей и цианобактерий. Пурпурные и зеленые бактерии в процессе фотосинтеза кислород не выделяют. Донором электрона у них служит не молекула воды, а восстановленные соединения серы, молекулярный водород или органическое вещество (в анаэробных условиях).

Рис 4 Круговорот углерода и кислорода (Бабьева, Зенова, 1983)

Пурпурные и зеленые серобактерии — обитатели пресных и соленых водоемов, содержащих сероводород. Это в основном водоемы застойного типа, заболоченные, где идет разложение органических (белковых) веществ в анаэробных условиях. Фотосинтезирующие серные бактерии редко можно обнаружить и в почве. Пурпурные несерные бактерии, например Rhodomicrobium, чаще выделяются из почв. Морфологически это почкующиеся бактерии, сходные с почвенными бесцветными Hyphomicrobium, но имеющие пигменты. Несерные фотосинтезирующие бактерии — анаэробы, использующие органическое вещество в качестве донора электрона. Они способны к фотоассимиляции органических субстратов (фотогетеротрофы). В эволюционном плане это, по-видимому, наиболее древние фотосинтетики. Следующий этап эволюции фотосинтеза — появление серных бактерий, которые оказались способными к гетеротрофной, а затем и автотрофной фиксации СО₂ с восстановленными донорами электрона в виде H₂S. Позже донором электрона в фотосинтетическом восстановлении СО₂ стала служить молекула воды, а фотосинтез оказался сопряженным с выделением свободного кислорода (цианобактерии, водоросли, высшие растения). Этот тип фотосинтеза, независимый от присутствия органических источников углерода и от доноров водорода, имеющихся локально в среде, получил преимущество, что привело к доминирующему положению растений на суше, а водорослей — в океане, среди фотосинтезирующих организмов. Фиксация СО₂ у всех автотрофных организмов происходит за счет универсального механизма, который известен как цикл Кальвина.

Хемосинтез. Фиксация СО₂ в хемосинтезе происходит за счет энергии окисления внешнего неорганического донора электрона. Этот процесс был впервые описан С. Н. Виноградским в конце прошлого века. Хемоавтотрофы известны только среди бактерий. К хемосинтезирующим организмам принадлежат нитрификаторы, карбоксидобактерии, серобактерии, тионовые, железобактерии, водородные бактерии. Они называются так по субстратам окисления, которыми могут быть NН₂, NO₂, CO, H₂S, S, Fe²⁺ , Н₂. Некоторые виды — облигатные хемолитоавтотрофы, другие — факультативные. К последним относятся карбоксидобактерии и водородные бактерии. В отсутствие органических веществ они используют энергию окисленного водорода или СО для фиксации СО₂, а при наличии органических соединений переходят на гетеротрофный тип питания, т.е. ведут себя как миксотрофы.

Гетеротрофная фиксация СО₂ . Помимо фото- и хемосинтеза, где углекислота служит единственным источником углерода, СО₂ может ассимилироваться гетеротрофно, путем присоединения к готовым углеродным цепям. У микроорганизмов эта способность впервые была обнаружена А. Ф. Лебедевым (1921) при работе с грибами. Акцепторами СО₂ могут быть различные органические кислоты, чаще всего пировиноградная:

СНзСОСООН + СО₂ СООНСН₂СОСООН - щавелево-уксусная кислота.

Более 10% биомассы микроорганизмов может быть из СО₂, как это было показано в опытах с дрожжами при использовании меченной по углероду ¹⁴СО₂.

Образование метана биологическим путем из СО₂ и других одноуглеродных источников — метановое брожение — происходит в болотах, в иловых отложениях озер, в метантэнках, в рубце жвачных животных. В почве этот процесс протекает там, где складываются анаэробные условия, и образуется водород в первичных процессах анаэробного превращения органических веществ. Метанобразующие бактерии — вторичные анаэробы, так как они перерабатывают продукты поступающие от других анаэробов. Метан образуется из ацетата или за счет восстановления СО₂, СО, муравьиной кислоты или метанола водородом по следующей схеме СО₂+4Н₂ СН₄+2Н₂0. Примерно 1/3 природного метана образуется из СО₂. Один из наиболее известных возбудителей метанового брожения — Methanosarcina barkeri. Этот микроорганизм образует конгломераты клеток с газовыми вакуолями, что придает ему свойство всплывать на поверхность при заполнении вакуолей. После «стравливания» метана клетки увеличивают плотность и опускаются на дно в анаэробную зону, где снова осуществляют процесс образования метана. Группа метанобразующих бактерий гетерогенна. Среди них есть кокковидные, палочковидные, сарциноподобные организмы и спириллы. Все метаногенные бактерии относятся к группе архебактерий.

Окисление метана — биологический процесс, который активно протекает в районах метаногенеза — в местах газовых и нефтяных месторождений, в переувлажненных почвах, в поверхностной пленке болот. Метанокисляющие бактерии перехватывают метан, который образуется в анаэробной зоне, и окисляют его до СО₂ через метанол, формальдегид и муравьиную кислоту: СН₄  СН₃ОН  СНОН  НСООН  СО₂. Этот путь диссимиляции (катаболизма) осуществляется с участием ферментов цепи переноса электрона. Ассимиляция углерода метана происходит на уровне формальдегида несколькими путями, отличными от автотрофной фиксации СО₂ в цикле Кальвина. Микроорганизмы, окисляющие метан, получили название метилотрофов. Среди них есть облигатные формы, использующие в качестве углеродного источника питания метан или его производные — метанол и метиламины, и факультативные метилотрофы, ассимилирующие как одноуглеродные соединения (метанол, формальдегид, метиламин, но не метан), так и другие органические вещества. Облигатные метилотрофы — группа метанокисляющих бактерий сем. Methylomonadaceae, которые относят к 4 родам: Methylomonas, Methylococcus, Methylosinus и Methylocystis. Хотя формально их следует считать гетеротрофами (метан — органическое вещество), но по многим морфологическим и физиологическим признакам они близки к таким литоавтотрофам, как нитрифицирующие бактерии сем. Nitrobacteriaceae. Процесс окисления метана сопровождается у них окислением аммиака до нитритов, они имеют хорошо развитую систему внутриклеточных цитоплазматических мембран, пути метаболизма метанокисляющих бактерий сходны с таковыми у автотрофных нитратных бактерий.

Среди факультативных метилотрофов известны не только прокариоты, но и представители одноклеточных грибов. Метилотрофные дрожжи относятся к двум близким родам Pichia и Hansenula (сумчатые из Ascomycetes) или же к несовершенным грибам из рода Candida. Наиболее хорошо изученный вид С. boidinii. Он активно растет на метаноле и используется в промышленности для получения микробного белка.

Микроорганизмы-метилотрофы, особенно метанокисляющие бактерии, вовлекая в биотический круговорот одноуглеродные соединения группы метана, вносят значительный вклад в глобальный цикл углерода, замыкая трофические цепи в специфических нишах биосферы. Они представляют интерес и в практическом отношении как продуценты белка из дешевого сырья, а также как средство борьбы с метаном в угольных шахтах.

Окисление окиси углерода микроорганизмами — процесс, благодаря которому поддерживается природное равновесие этого газа в биосфере; СО образуется техногенным путем в результате сгорание разных видов топлива. Существуют и природные источники угарного газа — извержения вулканов и биохимические реакции фотосинтеза, приводящие к распаду порфиринового кольца хлорофилла. Удаление окиси углерода из атмосферы происходит в результате ее поглощения почвой и окисления микроорганизмами. Ежегодно почва поглощает до 4,110¹⁴ г СО, что лишь немногим меньше, чем образуется при сгорании топлива. В окислении СО участвует физиологическая группа карбоксидобактерий. Среди последних много новых, недавно открытых бактерий: Seliberia carboxydohydrogenia, Pseudomonas gazotropha, Comamonas compransoris, Achromobacier carboxydus. Карбоксидобактерии — автотрофы. Образующаяся в результате окисления СО углекислота фиксируется в процессах анаболизма автотрофно через цикл Кальвина, а не метилотрофно. Но автотрофия карбоксидобактерий - облигатная. Они способны и к органотрофному росту, в том числе на метаноле. Однако высокие концентрации органических веществ подавляют их развитие, на основании чего их относят к олиготрофной группировке почв.

1) растворимые в воде соединения — сахара, органические кислоты, спирты;

2) слаборастворимые — гемицеллюлозы;

3) нерастворимые — крахмал, пектин, клетчатка, воска, жиры, смолы, углеводороды;

4) особо прочное соединение — лигнин.

Рассмотрим разложение этих веществ, последовательно по группам, в разных природных условиях — аэробных и анаэробных.

Разложение водорастворимых органических соединений происходит в первую очередь после отмирания растений. Потеря углеводов приводит к сужению отношения С : N в разлагающемся материале и торможению процесса распада. В аэробных условиях углеводы разлагаются бактериями в актах дыхания, с образованием СО₂ как конечного продукта деструкции. Грибы обычно окисляю углеводы не до конца, а процесс идет с образованием недоокисленных продуктов, в первую очередь органических кислот: янтарной, лимонной, уксусной и др. Органические кислоты в большом количестве образуются при анаэробном распаде углеводов — брожении.

Рис 5 Типы брожений (Бабьева, Зенова, 1983)

В зависимости от возбудителей и конечных продуктов различают несколько типов брожений (рис. 5). При сбраживании глюкозы дрожжами образуется этиловый спирт, при молочнокислом брожении главным или единственным продуктом является молочная кислота. Клостридии сбраживают глюкозу до масляной кислоты, пропионовые лактобациллы — до пропионовой и янтарной. Изучение разложения клетчатки в природе было начато еще в прошлом веке под влиянием идей Пастера об анаэробных брожениях. Поэтому в первую очередь изучали анаэробное разложение целлюлозы. Биологическую природу этого процесса впервые установил Л. Попов в 1875 г. Позже В. Л. Омелянский подробно изучал анаэробный распад клетчатки и выделил возбудителей этого процесса, один из которых был назван в его честь Bacillus omelianskii. Это тонкие, до 12 мкм в длину, слегка изогнутые палочки с округлыми или овальными терминальными спорами («барабанные палочки»). При анаэробном разложении целлюлозы образуется много органических кислот (уксусная, янтарная, молочная, масляная, муравьиная),

Изучение

Рис.6. Схема превращения глюкозы в пировиноградную кислоту

В отличие от процесса анаэробного разложения целлюлозы, который осуществляется только бактериями, в аэробных условиях клетчатку разлагают многие микроорганизмы самых разных систематических групп: истинные бактерии, миксобактерии, актиномицеты и грибы.

В кислых лесных почвах, где клетчатка в значительной степени представлена мертвой древесиной, она более доступна для грибного разложения. Поэтому в лесах главная роль в превращении целлюлозы принадлежит грибам, в особенности почвенным микромицетам. Среди них наиболее активны такие типичные подстилочные сапрофиты, как Trichoderma viride, Chaetomium globosum, Myrothecium verrucaria, а также некоторые виды родов Penicillium и Aspergillus. Характерная особенность грибного разложения целлюлозы — выделение целлюлазных ферментов в среду. Поэтому грибы представляют промышленный интерес для получения препарата целлюлаз после освобождения среды от мицелия. У бактерий целлюлазы — контактные ферменты, связанные, по-видимому, клеточной поверхностью. Они работают только in situ, и выделение ферментов из этих микроорганизмов представляет определенные трудности.

Жиры входят в состав всех растительных и животных тканей. Некоторые органы растений, например семена, бывают очень богаты жирами. В почве, обогащенной гумусом и растительными остатками, липидная фракция может составлять 3% и более. Жиры разлагаются в почве микроорганизмами, обладающими липазной активностью. При разложении жиров образуются глицерин и жирные кислоты. В аэробных условиях глицерин быстро используется в метаболизме многих бактерий и грибов, а жирные кислоты более стойки и они накапливаются в почве. В анаэробных условиях жирные кислоты восстанавливаются до углеводородов. Липазы имеются у аэробных почвенных бактерий, актиномицетов и грибов, а также у анаэробов из рода Clostridium.

Углеводороды в почве представлены газообразными (метан, этан, этилен и др.), алифатическими и циклическими соединениями. Об окислении метана говорилось выше. Алифатические углеводороды с длинной цепью окисляют многие бактерии и дрожжи. Из бактерий наиболее активны представители коринебактерий, псевдомонад и нокардий, из дрожжей — виды родов Candida, Debaryomyces, Schwanniomyces. Большое значение имеет длина углеродной цепи: легче используются углеводороды, начиная с гексадекана. Утилизация углеводородов происходит в окислительных условиях, так как первый этап воздействия на углеводородную цепь — окисление концевого углерода ферментами оксигеназами. Дальнейшее окисление протекает по пути, который известен как окисление жирных кислот. При низком парциальном давлении кислорода происходит накопление промежуточных продуктов окисления углеводородов — жирных кислот, начиная с Сз (пропионовой кислоты).

Разложение микроорганизмами ароматических углеводородов в почве имеет очень большое значение в круговороте углерода, так как эти соединения входят в состав молекул лигнина. Способность разлагать ароматические углеводороды присуща многим грибам, некоторым аэробным бактериям и дрожжам. Из бактерий наиболее активны представители родов Pseudomonas и Arthrobacter. В анаэробных условиях ароматические соединения могут ассимилироваться (только на свету!) некоторыми фототрофными бактериями. Разложение циклических углеводородов начинается с гидроксилирования — включения в них оксигрупп и перевода в орто - или парадиоксифенилпроизводные. Далее следует разрыв кольца под действием оксигеназ, катализирующих окисление субстрата кислородом. Боковые цепи и заместители отщепляются, как правило, до разрыва кольца. Разрыв ароматического кольца происходит разными путями у разных микроорганизмов. Из почв были выделены бактерии, разлагающие полициклические соединения углеводородной природы — нафталин, антрацен и фенантрен. Промежуточным продуктом их распада является салициловая кислота.

Итак, большинство природных углеводородов частично или полностью окисляются микроорганизмами. Этот процесс важен в аспекте самоочищения почвы от загрязнений нефтью и продуктами ее переработки.

Лигнин (от лат. lignum — дерево, древесина) синтезируется только высшими растениями и в количественном отношении уступает только целлюлозе и гемицеллюлозам. В древесине лиственных пород деревьев его содержится 20—30%, хвойных — до 50%. Лигнин относится к инкрустирующим веществам клеточной стенки. Он вызывает одревеснение клеток и придает им большую прочность. Если целлюлозные микрофибриллы сравнить с арматурой железобетонных конструкций, то лигнину следует отвести роль бетона. Химическое строение лигнина окончательно не установлено. Известно, что в разных растениях он неоднороден. Сложность структуры определяется большим числом полимеризованных мономерных блоков, которые представляют собой производные фенилпропана. Основной мономер лигнина — конифериловый спирт; он составляет главный скелет лигнина хвойных. В лигнине лиственных пород есть еще синаповый спирт, а в лигнине из соломы злаков — кумаровый.

Лигнин не растворяется ни в воде, ни в органических растворителях» дает цветные реакции, характерные для фенолов. В растительном организме — это конечный продукт обмена, выполняющий только механические функции. Разлагают его грибы и немногие бактерии. Процесс протекает очень медленно, поэтому промежуточные продукты разложения лигнина накапливаются в почве. Основные разрушители лигнина — базидиальные грибы. Некоторые из них разрушают лигнин даже в живых растениях, например осенний опенок Armillariella mellea. Древоразрушающие базидиомицеты, вызывающие белую гниль дерева, наиболее активные разрушители лигнина вместе с некоторыми подстилочными сапрофитами. Можно проследить сукцессию видов при разложении лигнина. Процесс начинается еще в растущем дереве, на котором поселяются базидиомицеты — паразиты родов Fomes, Polyporus, Armillariella и др. На мертвой древесине появляется другая группировка грибов: это деревоокрашивающие грибы Ceraiostomella, Cladosporium. Далее частично разрушенную древесину заселяют подстилочные сапрофиты — базидиомицеты с мелкими шляпочными плодовыми телами родов Collybia, Marasmius, Phallus, Lepiota, Mycena и, наконец, в поздней стадии происходит колонизация остатков почвенными грибами из группы несовершенных: Fusarium, Trichoderma, Aspergillus, Penicillium, Rhizoclonia. В более поздних стадиях разложения лигнина участвуют и бактерии, причем только грамотрицательные. Древесина и опад лиственных деревьев разрушаются быстрее, чем хвойных. Разложение лигнина идет обычно параллельно с распадом целлюлозы. Оба эти процесса могут вызывать одни и те же организмы. Например, у Polyporus abiciinus найдено до двух десятков внеклеточных ферментов, среди которых есть и целлюлазы, и полифенолоксидазы, разлагающие лигнин, и, кроме того, ферментативный комплекс, воздействующий на пектины, крахмал, гемицеллюлозы. Несомненно, что в природе разложение лигнина совершается сложным комплексом микроорганизмов и высших грибов, и этот процесс идет значительно интенсивнее, чем при лабораторных анализах с чистыми культурами
ЗАХОРОНЕННЫЙ УГЛЕРОД И ЕГО МОБИЛИЗАЦИЯ