Требования к проведению работ

6.2. Исследование материала, содержащего (подозрительного на содержание) микроорганизмы I-IV групп патогенности, МАНК, осуществляют специалисты с высшим или средним медицинским или биологическим (ветеринарным) образованием, прошедшие подготовку на лицензированных курсах первичной специализации по работе с микроорганизмами I - II групп патогенности (опасности) (только при работе с данными микроорганизмами) или с микроорганизмами III-IV групп патогенности, получившие дополнительное специальное образование на курсах повышения квалификации по молекулярно-биологическим методам диагностики.

6.3. Допуск персонала к работе в лаборатории осуществляется в порядке, регламентированном действующими санитарными правилами проведения работ с микроорганизмами I-IV групп патогенности.

6.4. Выполнение работ в Рабочих зонах 4-1 и 4-2 должно осуществляться отдельным персоналом, не задействованным на других этапах проведения анализа.

6.5. При проведении исследований с использованием МАНК неукоснительно соблюдают этапы проведения последовательной обработки материала и проб:

6.5.1. Весь поступающий материал направляют в Рабочую зону 1 для приема, регистрации, разбора, первичной обработки и обеззараживания материала.

6.5.2. В Рабочую зону 2 материал подлежит передаче только после обеззараживания (Приложение 5) в маркированных одноразовых микроцентрифужных пробирках объемом 1,5-2 мл с закрытой крышкой.

6.5.3. После окончания работы в Рабочей зоне 2 пробирки передают в

6.5.4. После окончания работы в Рабочей зоне 3, если для учета результатов используется метод электрофореза и (или) гибридизационно-ферментативный метод детекции, пробирки переносят в Рабочую зону 4-1 для проведения анализа.

6.5.5. В случае применения для регистрации результатов реакции амплификации секвенирования работы по очистке ампликонов осуществляют в Рабочей зоне 4-1 с последующим переносом пробирок в Рабочую зону 4-2 для завершения анализа.

6.5.6. Если учет реакции амплификации осуществляют с использованием ДНК-чипов, пробирки из Рабочей зоны 3 переносят в Рабочую зону 4-2 для проведения анализа.

6.6. При проведении исследований с использованием методов амплификации нуклеиновых кислот неукоснительно соблюдают следующие правила работы:

6.6.1. Обеспечение поточности движения исследуемого материала, проб нуклеиновых кислот, продуктов амплификации.

6.6.2. Забор материала, его предварительную обработку, хранение, перевозку (Приложение 2) и передачу на исследование в Рабочую зону 1 осуществляют согласно инструктивно-методическим документам, регламентирующих выполнение исследований для каждого вида возбудителя инфекций, инструкциям к наборам реагентов и в соответствии с СП 1.3.1285-03 и СП 1.3.2322-08.

6.6.3. Передачу исследуемого материала в Рабочую зону 1 и проб при смежном расположении помещений Рабочих зон 1, 2, 3 (3а и 3б) – желательно осуществлять через шлюзовые передаточные окна, а в Рабочие зоны 4-1 и 4-2 - через передаточные окна.

6.6.4. Перенос проб из одной рабочей зоны в другую, а также их хранение в данных помещениях рекомендуется осуществлять в плотно закрывающихся металлических (с возможностью опломбирования) или пластмассовых контейнерах (штативах), с их последующей обработкой регламентируемыми дезинфицирующими средствами после каждого использования.

6.6.5. При исследовании материала, подозрительного на зараженность микроорганизмами I-IV групп патогенности все манипуляции в Рабочих зонах 1 и 2, включая манипуляции, сопровождающиеся риском образования аэрозоля (встряхивание, центрифугирование и т.д.) при обработке материала и выделении нуклеиновых кислот, выполняют в боксах биологической безопасности II или III класса (Приложение 4).

6.6.6. По окончанию работы все объекты, инфицированные (подозрительные на инфицирование) микроорганизмами I-IV групп патогенности, помещают на хранение в холодильное (морозильное) оборудование (бытовые и промышленные холодильники (морозильники) и шкафы, холодильные камеры) на время проведения исследований. Рабочее место и рабочие поверхности оборудования подвергают дезинфекции.

6.6.7. Работы в Рабочих зонах 3, 4-1 и 4-2 выполняют в боксах биологической безопасности II (I) класса защиты или ПЦР-боксе (Приложение 4). При работе с материалом, содержащим микроорганизмы III-IV групп патогенности, этапы анализа, выполняемые в Рабочих зонах 4-1 и 4-2, проводят на лабораторных столах.

6.6.8. Каждая манипуляция обязательно должна сопровождаться сменой наконечников для автоматических пипеток после ее завершения.

6.6.9. Расходуемые материалы (наконечники, пробирки и т.д.), наборы реагентов должны строго соответствовать используемому оборудованию (автоматическим пипеткам, термоциклерам и т.д.).

6.6.10. Рекомендуется использование источников бесперебойного питания при подключении амплификационного оборудования.

6.6.11. Условия хранения наборов реагентов (комплектов реагентов), образцов проб должны соответствовать инструкциям по применению. Образцы проб, содержащих нуклеиновые кислоты и (или) ампликоны хранят отдельно от реагентов в разных холодильниках. Не допускается использование не сертифицированных наборов, реагентов с истекшим сроком годности, хранившихся в условиях нарушения температурного режима.

6.6.12.Холодильное оборудование должно быть оснащено средствами ручного или автоматического температурного контроля и регистрации, свидетельствующих о реальном режиме хранения наборов реагентов и исследуемых проб.
7. Требования к защитной одежде
7.1. При работе с микроорганизмами I - IV групп патогенности выбор типа защитного костюма (рабочей одежды и средств индивидуальной защиты) проводится в строгом соответствии с СП 1.3.1285-03 и (или) СП 1.3.2322-08 и определяется видом возбудителя, рабочей зоной, оснащением ее боксами биологической безопасности (Приложение 4).

7.2. Каждая рабочая зона (помещение) обеспечивается необходимым количеством комплектов спецодежды (комбинезон или пижама, медицинский халат, шапочка, одноразовые латексные (резиновые) перчатки и сменная обувь). При работе в помещении детекции продуктов амплификации следует надевать одноразовые бахилы. Использование одежды из другой зоны запрещено. Рекомендуется использование одноразовой одежды.

7.3. Надевание и снятие защитной одежды производят в предбоксах. В каждом из них должен быть отдельный комплект защитной одежды и обуви. Наиболее загрязненной продуктами амплификации считается защитная одежда Рабочих зон 4-1 и 4-2, особенно, латексные (резиновые) перчатки, которые снимают в первую очередь.
8. Требования к обработке помещений и обеззараживанию материала
8.1. Обработку помещений проводят в соответствии с требованиями
СП 1.3.1285-03 и СП 1.3.2322-08.

8.2. Ежедневно в конце рабочего дня проводят текущую влажную уборку полов разрешенными к применению дезинфицирующими средствами.

8.3. Рабочие зоны (помещения) лаборатории должны подвергаться ежедневному обеззараживанию ультрафиолетовым излучением в соответствии с руководством “Использование ультрафиолетового бактерицидного излучения для обеззараживания воздуха в помещениях” Р 3.5.1904-04., М.: 2005 после ее окончания.

8.4. Каждая рабочая зона (помещения) лаборатории должна быть обеспечена промаркированным набором уборочного инвентаря, не допускается использование индивидуального уборочного инвентаря для уборки других помещений лаборатории.

8.5. Перед началом работы рабочую поверхность столов (биологических боксов) и оборудования обрабатывают 70%-ным этиловым спиртом.

8.6. При использовании кондиционеров, ежемесячно проводят очистку и обработку радиаторной решетки кондиционера и накопителя конденсата 0,2%-ным раствором ДП-2Т с заменой фильтров.

8.7. Не менее чем один раз в год осуществляют обработку автоматических дозаторов. Дозаторы разбирают, обрабатывают моющим раствором для удаления жирового загрязнения, после чего остатки моющего средства удаляются ветошью, смоченной водой. Затем проводят обработку 1 N соляной кислотой; время экспозиции - 1 ч. Остатки раствора тщательно удаляют ветошью, смоченной водой, и проводят обеззараживание влажных поверхностей ультрафиолетовым излучением в течение 1 ч. По окончании обработки дозаторы собирают и проводят калибровку в соответствии с прилагаемой инструкцией по пользованию дозаторами. Автоклавируемые дозаторы обеззараживают паром под давлением 1,7 атм. при температуре 120 ± 1 ⁰С в течение 20 мин.

8.8. Остатки материала, инфицированного (подозрительного на инфицирование) микроорганизмами I-IV групп патогенности, использованную посуду, после дезинфекции регламентируемыми дезинфицирующими препаратами (если необходимо) собирают в закрывающиеся емкости (контейнеры) и передают на автоклавирование. Не допускается слив необеззараженных жидкостей в канализационную сеть. Порядок и режимы обеззараживания исследуемого материала, инактивации пробирок с ампликонами, использованных реагентов и рабочей одежды представлены в Приложениях 5 и 6.

8.9. При возникновении контаминации в помещениях лаборатории, использующей МАНК, немедленно останавливают работы и проводят мероприятия по ликвидации контаминации (Приложение 7).

8.9.1. При случайном открытии пробирок с продуктами амплификации

8.10. В лаборатории проводят внутрилабораторный контроль качества дезинфекции и проведенной деконтаминации ампликонов, путем исследования смывов с рабочих поверхностей оборудования и поверхностей помещений.

9.2. Лаборатория должна принимать участие, в установленном порядке, в мероприятиях (программах) по внешней оценке качества лабораторных исследований (ФСВОК и т.д.) по конкретным нозологическим формам не реже 1 раза в год.

9.3. Внутрилабораторный и внешний контроль качества лабораторных исследований осуществляют путем анализа шифрованных аттестованных контрольных панелей, содержащих "положительные" и "отрицательные" пробы.

9.4. При проведении внутрилабораторного контроля качества лабораторных исследований могут использоваться аттестованные на наличие аналита (его количества) панели производителей коммерческих наборов или внутрилабораторные аттестованные образцы, содержащие и не содержащие нуклеиновые кислоты конкретных возбудителей в различной концентрации, стабильные в условиях хранения.

использующей МАНК с гибридизационо - флуоресцентным методом детекции

продуктов амплификации (А и Б).



Рис.3. Рекомендуемая схема размещения помещений (рабочих зон) лаборатории,

использующей МАНК с комплексной детекцией продуктов амплификации

(электрофоретической, гибридизационно-ферментативной (ГИФА), гибридизационо – флуоресцентной), а также их последующего секвенирования или проведения анализа на ДНК-чипах.

Обозначения:
1. Рабочая зона – 1;

2. Рабочая зона -2;

3. Рабочая зона -3 (подзоны 3а и 3б);

4. Рабочая зона 4-1;

5. Вспомогательное помещение (комната анализа результатов);

6. Предбокс;

7. Вспомогательное помещение (комната обеззараживания материала с автоклавом);

8. Рабочая зона 4-2.

2. С целью предотвращения разрушения нуклеиновых кислот рекомендуется использование следующих транспортных сред в зависимости от вида исследуемого материала:

- транспортная среда N 1, содержащая: NaCl 137 мМ, КСl 2,7 мМ, NaH₂PO₄ 10 мМ, К₂НРO₄ 2 мМ, сыворотка крупного рогатого скота 20%;

- транспортная среда N 2, содержащая: сахароза 0,218 М, КН₂РО₄ 0,0038 М, К₂НРО₄ 0,0072 М, БСА 1%;

- транспортная среда ESP, содержащая: саркозил 1%; ЭДТА 0,05 М; свободная от нуклеаз проназа Е 1 мг/мл;

- специальные транспортные среды, разработанные и рекомендованные производителями наборов реагентов.

При необходимости длительного хранения и перевозки в отсутствии низкотемпературных холодильников рекомендуется использовать транспортную среду ESP. Исследуемый материал может храниться в среде ESP при температуре 25 ± 5 ⁰С в темном месте в течение 10 дней.

3. Перевозку материала (предварительно обработанных проб) для исследования, а также его хранение осуществляют в соответствии с СП 1.2.036-95 в закрывающихся (с возможностью опломбирования) металлических или пластмассовых контейнерах, на дне которых размещают адсорбирующий материал (марлевая салфетка, ткань, вата и пр.), смоченный раствором дезинфицирующего средства. Контейнер помещают в сумку-холодильник или во внешний термоконтейнер с хладагентами. При соблюдении противоэпидемического режима возможна перевозка материала для исследования в металлическом термосе со льдом.

4. Перевозку и хранение материала рекомендуется осуществлять в условиях «холодовой цепи» с обеспечением необходимого контроля установленного температурного режима при помощи термоиндикаторов.

4.1. В зависимости от используемой транспортной среды, вида исследуемого материала и температурного режима сроки перевозки и хранения материала могут варьировать в широком диапазоне.

Пробы крови (плазмы) используют при проведении качественных и количественных исследований, пробы сыворотки крови используют только при проведении качественных исследований с помощью МАНК.

Для получения плазмы забор крови производят натощак или через 3 часа после приема пищи из локтевой вены одноразовой иглой (диаметр 0,8 - 1,1 мм) в специальную вакуумную систему типа "Vacuett" (сиреневые крышки - 6% ЭДТА) или одноразовым шприцем в пластиковые пробирки с цитратом натрия (3,8%-ный раствор цитрата Na в соотношении 1:9). Пробирку закрывают крышкой и аккуратно переворачивают несколько раз вверх дном, чтобы кровь в пробирке тщательно перемешалась с антикоагулянтом (в противном случае кровь свернется, и выделение ДНК/РНК станет невозможным). Гепарин в качестве антикоагулянта использовать нельзя!

Для получения сыворотки забор крови проводят натощак из локтевой вены одноразовой иглой (диаметр 0,8 - 1,1 мм) в одноразовые пробирки без антикоагулянта.

Предварительная обработка проб.

Плазму крови получают центрифугированием пробирок с цельной кровью при 800 - 1600 g в течение 20 мин. при комнатной температуре. Затем отбирают плазму в количестве не менее 1 мл отдельными наконечниками с фильтром (пастеровскими пипетками) в стерильные пробирки объемом 1,5 или 2,0 мл.

Для получения сыворотки пробирки с кровью отстаивают при комнатной температуре в течение 30 мин до полного образования сгустка или помещают в термостат при 37⁰С на 15 мин. Затем центрифугируют при 800 - 1600 g в течение 10 мин. при комнатной температуре. Сыворотку переносят отдельными наконечниками с фильтром (пастеровскими пипетками) в стерильные пробирки объемом 1,5 или 2,0 мл. Сыворотка не должна быть гемолизированной.

Клетки крови (лейкоцитарную фракцию цельной крови, лейкоцитарную пленку) для выявления лейкотропных вирусов и т.д. следует отбирать после центрифугирования цельной крови и удаления плазмы. Используя наконечник с фильтром аккуратно собрать лейкоцитарную массу с поверхности осадка клеток в объеме 0,2 мл и перенести в стерильную пробирку объемом 1,5-2,0 мл.

Образцы цельной крови:

- при температуре от 2 ⁰С до 8 ⁰С - в течение 6 ч с момента взятия материала для количественного определения нуклеиновых кислот; в течение 12 ч - для качественного определения нуклеиновых кислот;

- при температуре от 2 ⁰С до 8 ⁰С - в течение 1 суток для качественного и количественного определения ДНК (РНК) инфекционных агентов.

Недопустимо замораживание образцов цельной крови!

Образцы плазмы и сыворотки:

- при температуре от 2⁰С до 8 ⁰С - в течение 5 суток;

- при температуре минус 20 ⁰С – в течение года;

- при температуре минус 70 ⁰С - длительно.

Допускается только однократное замораживание-оттаивание материала, поэтому образцы плазмы или сыворотки для длительного хранения желательно разлить небольшими (0,1 - 0,2 мл) порциями в отдельные стерильные пробирки объемом 1,5 мл или 2,0 мл.

Забор материала осуществляют с помощью специальных стерильных одноразовых инструментов – урогенитальных зондов, цитощеток, или тампонов в зависимости от источника клинического материала согласно установленной процедуре. После взятия клинического материала погрузить рабочую часть зонда в транспортную среду производителя наборов реагентов. Если инструкция к набору реагентов предусматривает – оставить рабочую часть зонда в пробирке с транспортной средой, отломив ее в области насечки. В случае отсутствия насечки или если оставление зонда не предусмотрено инструкцией, погрузить рабочую часть зонда в среду, и прижав ее к внутренней стенки пробирки, вращать зонд 5-10 секунд, после чего зонд удалить, а пробирку плотно закрыть. Перед проведением процедуры экстракции нуклеиновых кислот осадить капли материала со стенок пробирки и внутренней части крышки центрифугированием (1500-3000 об/мин в течение 5 секунд), после чего аккуратно перемешать содержимое пробирки на вортексе, избегая разбрызгивания и попадания материала на внутреннюю часть крышки.

Не требуется.

Определяются инструкцией к транспортной среде и набору реагентов для выделения и очистки ДНК (РНК). Длительное хранение клинического материала осуществляют в замороженном виде при -70⁰С.

Для анализа отбирают первую порцию утренней мочи в количестве не меньше 20 - 30 мл в специальный сухой стерильный флакон на 50 мл.

Взбалтывают флакон с мочой. Переносят 1 мл мочи, используя наконечник с фильтром, в стерильные одноразовые пробирки объемом 1,5 мл. Центрифугируют 5 мин. при 10000 g при наличии большого количества солей ресуспендируют только верхний слой осадка солей в объеме 1 мл и затем снова концентрируют. Используя вакуумный отсасыватель с колбой-ловушкой, полностью удаляют супернатант, не захватывая осадок. К осадку добавляют транспортную среду до конечного объема 0,2 мл, тщательно перемешивают содержимое на вортексе.

Нативные и предварительно обработанные образцы мочи:

- при температуре от 2⁰С до 8 ⁰С – в течение 1 суток;

- при температуре минус 20 ⁰С - в течение 1 недели;

- при температуре минус 70 ⁰С - длительно.

Допускается лишь однократное замораживание-оттаивание материала.

Используют пробы фекалий массой (объемом) примерно 1 - 3 г (1 - 3 мл). Исследование мазков неинформативно из-за низкого содержания в них возбудителей. Пробу в количестве 1 г (примерно) отдельным наконечником с фильтром или одноразовыми лопатками переносят в специальный стерильный флакон.

При исследовании нативных фекалий без предшествующего замораживания готовят фекальную суспензию (при водянистой консистенции фекалий суспензию не готовят).

В соответствующее пробам количество микроцентрифужных пробирок (объемом 1,5 мл) вносят 0,8 мл фосфатного буфера (или стерильного изотонического раствора натрия хлорида). В каждую пробирку отдельным наконечником с фильтром (или одноразовыми лопатками) вносят 0,1 г (0,1 мл) фекалий и тщательно ресуспендируют на вортексе до образования гомогенной суспензии.

При невозможности исследования материала в течение суток и/или необходимости длительного хранения к 10 - 20%-ной суспензии фекалий в фосфатном буфере (или стерильном изотоническом растворе натрия хлорида) добавляют глицерин в конечной концентрации 10 - 15%. Подготовленные таким образом пробы замораживают только после тщательной гомогенизации и экспозиции с глицерином в течение 30 - 40 мин.

Приготовление бактериальной фракции фекалий для выявления бактериальных агентов.

Для приготовления бактериальной фракции фекалий используют фекалии водянистой консистенции, свежеприготовленную суспензию фекалий или суспензию, подвергавшуюся замораживанию с глицерином. Пробирки с суспензией (водянистыми фекалиями) центрифугируют при 7000 - 12000 g в течение 5 мин. Отдельным наконечником с фильтром из каждой пробирки отбирают бактериальную фракцию в объеме 0,05 мл (верхняя бело-желтая часть образовавшегося осадка). При отсутствии осадка или бело-желтого пограничного слоя между осадком и супернатантом отбирают 0,1 мл со дна пробирки или с границы осадка или супернатанта, соответственно. Отобранную часть пробы, содержащую высокую концентрацию бактерий, переносят в новую микроцентрифужную пробирку объемом 1,5 мл, содержащую 0,8 мл фосфатного буфера (или стерильного изотонического раствора натрия хлорида). Проводят тщательное ресуспендирование осадка на вортексе с последующим центрифугированием при 7000 - 12000 g в течении 15 мин.

Супернатант удаляют, а осадок ресуспендируют на вортексе в 0,3 мл фосфатного буфера (стерильного изотонического раствора натрия хлорида).

Приготовление осветленного экстракта фекалий для выявления вирусных агентов.

Для приготовления осветленного экстракта фекалий используют фекалии водянистой консистенции, свежеприготовленную суспензию фекалий или суспензию, подвергавшуюся замораживанию с глицерином. Взвесь фекалий интенсивно гомогенизируют на вортексе. Осветляют полученную суспензию путем центрифугирования при 10000 g в течение 5 мин. Супернатант (0,1 мл) смешивают с отрицательным контрольным образцом (50%-ная сыворотка крови крупного рогатого скота, разведенная фосфатно-солевым буфером, состав которого указан выше) (0,1 мл) в соотношении 1:1 и используют непосредственно для выделения ДНК или РНК. При необходимости хранения супернатант отбирают в отдельную одноразовую пробирку.

Образцы нативных фекалий:

- при комнатной температуре – в течение 6 часов;

- при температуре от 2⁰С до 8 ⁰С - в течение 3 суток.

Фекальная суспензия с глицерином, бактериальная фракция и осветленный фекальный экстракт:

- при температуре минус 20 ⁰С - в течение 1 недели;

- при температуре минус 70 ⁰С - длительно.