Энергетикалық процесстерде оттегін пайдаланатын микроорганизмдерде көміртектің өзгеруі анаэробтарға тән реакциямен басталады. Бірақ анаэробты тыныс алудың бір жолымен түзілген пиро жүзім қышқылы сутегінің соңғы акцепторы ретінде аэробты микроорганизмдермен қолданылмайды, ол аз ғана мөлшердегі энергия бөлу арқылы ары қарай тотығады.
Көптеген аэробты микроорганизмдерде пирожүзім қышқылы үш ферменті бар ферменттік жиынтықтың әсеріне ұшырайды. Ол ферменттердің біреуі пирожүзім қышқылының декарбоксилденуін, екіншісі НАД+-қа сутегінің тасымалдануымен оның дегидрленуін катализдейді, ал үшіншісі ацетилді топты акцептірлеп, ацетил-КоА-ны босатады. Осылайша пирожүзім қышқылының ацетил – КоА–ға дейін қышқылды декарбоксилденуі жүреді.
Микрорганизмдердің тыныс алуы энергия бөлінетін органиалық қосылыстар тотығуының биологиялық жолмен жүретін күрделі процесі болып есептеледі. Жасыл өсімдіктер энергияны хлорофилл көмегімен күн көзінен алынатын мәлім. Ал микроорганизмдердің басым көпшілігі күн энергиясын пайдалана алмайды. Энергияны олар химиялық реакциялар көмегімен қамтиды. Осы энергияның көмегімен олар клеткада күрделі органикалық қосылыстар түзеді.
Әр жасушада тотығу процесі жүретіндіктен, микроорганизмдердің қоректенуі мен тыныс алуы арасында тығыз байланыс болады.Өйткені клеткадағы қоректік заттар ыдырағанда энергия бөлініп шығады. Ал тыныс алу кезінде энергияның клетка сыртына бөлініп шығатыны да белгілі.
Тыныс алу түріне байланысты микроорганизмдерді үлкен екі топқа бөледі: аэробты және анаэробты микроорганизмдер. Аэробты микроорганизмдер ортада оттегі болғанда ғана тіршілік ете алады. Ал анаэробтар оттегіне мұқтаж емес.Анаэроб микробтар облигат және факультатив деп екіге бөлінеді. Облигат анаэробтар тек оттегі жоқ жерде ғана тіршілік етеді. Молекула күйіндегі оттегі олар үшін – у (газды гангрена, сіреспе қоздырғыштары). Ал факультативті анаэробтар молекула күйіндегі оттегінің бар не жоғына қарамай тіршілік ете береді (стрептококк, дифтерия таяқшасы ж.т.б). Анаэроб ауа енуі қиын терең қабаттарда тіршілік етуге бейімделген. Кей бактериялар оттегінің өте төмен парциалды қысымында тіршілік ете алады, оларды микроаэрофилдер деп атайды (бруцеллез қоздырғышы). Ал басқалары оттегі мол жерде жақсы тіршілік етеді – аэрофилдер (туберкулез, дифтерия, тырысқақ қоздырғыштары).
