После освобождения Западной Украины С.Р.Савченко с 6 ноября по 4 декабря 1939 г. является начальником УНКВД по Станиславской области, после чего возвращается на прежнюю должность в Управление погранвойск НКВД УССР.
С 3 октября 1940 г. — врид начальника 5-го отдела УГБ НКВД УССР. С 1 апреля 1941 г. — заместитель наркома госбезопасности УССР и начальник 1-го управления НКГБ УССР. С 12 августа 1941 г. по 30 апреля 1943 г. — заместитель наркома внутренних дел УССР, при этом с середины сентября 1941 г. до начала января 1942 г. фактически возглавлял НКВД Украины, поскольку в это время нарком В.Т.Сергиенко, попав в окружение под Киевом, проявил растерянность и трусость, заявив подчиненным: «Я вам теперь не нарком, и делайте, что хотите», после чего полтора месяца проживал в оккупированном Харькове, а затем вышел в расположение советских войск.
С 7 мая 1943 г. С.Р.Савченко — нарком (с марта 1946 г. — министр) госбезопасности Украины.
В августе 1949 г. С.Р.Савченко переходит на руководящую работу в разведку. С 24 августа 1949 г. он — 1-й заместитель председателя КИ при МИД СССР. С 2 ноября 1951 г. — заместитель министра госбезопасности, начальник ПГУ и член Коллегии МГБ СССР. С 17 марта 1953 г. — 1-й заместитель начальника ВГУ, а с 21 мая 1953 г. — начальник 7-го отдела и заместитель начальника ВГУ МВД СССР.
28 сентября 1953 г. снят с должности и направлен в распоряжение Управления кадров МВД СССР. С 19 декабря 1953 г. по 4 ноября 1954 г. — начальник ОО МВД-КГБ Управления строительных войск при Строительстве №565 Московского района ПВО. С ноября 1954 в распоряжении УК КГБ при СМ СССР. Приказом КГБ от 12 февраля 1955 г. уволен в запас по служебному несоответствию.
Награжден тремя орденами Ленина (1944, 1948, 1949), четырьмя орденами Красного Знамени (1943, 1944, 1945, 1948), орденами Кутузова 2-й степени (1944), Богдана Хмельницкого 2-й степени (1945), Красной Звезды (1941), медалями, знаком «Заслуженный работник НКВД» (1941).
Умер в Москве.