Ол 1856 ж. Қырғыз елін зерттеу мақсатымен құрылған экспедицияға қатысады. Экспедицияны Хомянтов басқарды. Шоқан экспедициясы қырғыз елінің көп жерін аралайды, халықтың тұрмыс- салтымен жақсы танысып, қырғыздың атақты эпосы «Манастың» мазмұнын жазып алады. Кейін осы эпосты орыстың даңқты ғалымдарына бірінші рет таныстырушы да Шоқан болады. Бұл сапарында ол қырғызбен шектес Ұлы жұз қазақтарының мекендеп отырған жерлерін. жайлы-жайсыз жақтарын зерттеп елдің əдет-ғұрпымен, тұрмысымен, ескіден қалған əңгіме-ертегі, жырларымен танысып, оларды жинай жүреді.
