Орындаған: Бб18-03к Тексерген: Алтыбаева Н. Жоспары
жүктеу/скачать 2.11 Mb.
|
- Бұл бет үшін навигация:
- Праймерлердің балқу температурасын есептеу
Праймер дизайныПраймерлер-ұзындығы-25 нуклеотидті ДНҚ-ның қысқа жіптері,оларды күшейту үшін ДНҚ фрагменттерінің басталу және аяқталу аймағына сәйкес келеді.Праймерлер алға және кері праймер болуы мүмкін.Бұл праймерлер ДНҚ фрагментін белгілі бір нүктелерде байланыстырады,онда ДНҚ полимеразасын сол жерде орналасқан арнайы праймермен байланыстырады және жаңа ДНҚ тізбегін синтездеуге кіріседі.
Праймерлердің үш негізгі түрі бар: -Олиго dT праймеры -Кездейсоқ жүйе.Әдетте,немесе гексамер немесе наномер пайдаланылады. -Ген-спецификалық праймер,мРНҚ зерттеу үшін қолданылады. Праймерлердің балқу температурасын есептеуЖақсы праймердегі гуанин мен цитозин (GC) мөлшері 40-60 аралығында болуы керек.Праймерді тазарту температурасы мен балқу температурасы ПТР кезінде өмірлік маңызды фактор болып табылады.Балқу температурасын дәл есептеу керек,ал грунтты тазарту температурасы балқу температурасынан 5◦С төмен болуы керек.Балқу температурасы 60 ◦С және 75◦С болуы керек.Тым жоғары немесе тым төмен температура ДНҚ полимераза белсенділігінің төмендеуіне әкеледі. Праймерлердің балқу температурасын есептеуКалькулятор праймерлердің ұсынылған балқу температурасы мен ПТР жасыту температурасын ПТР-да қолданылатын праймер жұбы, праймер концентрациясы және ДНҚ-полимеразаның реттілігі негізінде есептейді. Калькулятор сонымен қатар праймер ұзындығын, GC пайызын, молекулалық массаны және сөну коэффициентін есептейді. Өзгертілген Allawi & SantaLucia термодинамикалық әдісі T m және Platinum SuperFi, Phusion және Phire ДНҚ полимеразаларымен реакциялардың күйдіру температурасын есептеу үшін қолданылады. Параметрлер праймерде нақтылықты жоғарылату және жоғары өнімділікті сақтау мақсатында реттелді. Бұл калькуляторды пайдалану үшін ДНҚ-полимеразды таңдап, праймер тізбегін енгізіңіз немесе қойыңыз және соңғы праймер концентрациясын енгізіңіз. T m мәндері, күйдіру температурасы және басқа деректер автоматты түрде жасалады. Қажет болса, матрица-праймер жұбының әр тіркесімі үшін идеалды күйдіру температурасын одан әрі оңтайландыру және эмпирикалық түрде анықтау үшін температура градиентін қолданыңыз. Күйдіру температурасының градиенті компьютердің жасыту температурасынан 6-10 ° C төмен температурада басталып, созылу температурасына дейін жоғарылауы керек (екі сатылы ПТР). жүктеу/скачать 2.11 Mb. Достарыңызбен бөлісу:
|