Впервые упоминание о Судебнике 1497 года имеется в Записях о Московии австрийского дипломата Сигизмунда Герберштейна, бывшего послом императора Максимилиана I при дворе Василия III

Рукопись Судебника 1497 года была обнаружена в 1817 году П.М. Строевым и опубликована им совместно с К.Ф. Калайдовичем в 1819 году. Она остается до сих пор единственным известным списком Судебника и хранится в фонде Государственного древнехранилища Центрального государственного архива древних актов в Москве.

В советское время вышло академическое издание «Судебники XV-XVI вв.» (подготовка текста к печати и комментарий Л.В. Черепнина). Исследуя сохранившийся единственный список Судебника 1497 года, Л.В. Черепнин пришел к выводу, что текст его был переписан с подлинника или другого списка не менее чем тремя сменявшими друг друга писцами. Рукопись Судебника не имеет постатейной нумерации. Ее текст подразделяется с помощью киноварных заголовков на 36 разделов, внутри которого имеются более мелкие подразделения – выполненные также киноварью инициалы. Систематизируя эти подразделения, М.Ф. Владимирский-Буданов при публикации текста Судебника в своей «Хрестоматии», изданной в 1873 году, разделил его на 68 статей. Однако, как показал Л.В. Черепнин, эта система деления искусственна. М.Ф. Владимирский-Буданов, не имевший возможности ознакомиться с рукописью Судебника и пользовавшийся исключительно публикацией К.Ф. Калайдовича и П.М. Строева, в которой не всюду учитывалось наличие выполненных киноварью инициалов, не отразил полностью архитектонику памятника. По мнению Л.В. Черепнина, памятник следует разбить на 100 статей. Однако ввиду того, что все научные работы, посвященные Судебнику 1497 года, основаны на нумерации Владимирского-Буданова, в академическом издании (и в настоящей публикации) сохранено общепринятое деление.

М.Ф. Владимирский-Буданов отметил наличие в Судебнике определенной системы по сравнению с предшествовавшими актами. Предложенное выделение из состава Судебника четырех частей – постановления о суде центральном, суде местном, материального права и дополнительных статей – было воспринято всеми последующими исследователями. Рассматривая Судебник 1497 года как объединение местных законов в один общий, М.Ф. Владимирский-Буданов впервые предпринимает попытку более детального изучения вопроса о его источниках. Формально юридическое сравнение, проведенное путем текстологического анализа, приводит его к выводу, что в качестве «не только основного, но и единственного источника» Судебника выступают уставные грамоты, а нормы обычного права употреблены в незначительной степени. Использована Псковская Судная грамота, несколько видоизмененная по сравнению с вечевым законодательством. Судебник, считает М.Ф. Владимирский-Буданов, значительно беднее по сравнению с Псковской Судной грамотой как по содержанию, так и по искусству редакций. Он находит и неизвестные ранее памятникам статьи, например, запрещение отказывать в правосудии (ст. 2), законы о взяточничестве и лжесвидетельстве (ст. 67) и некоторые другие, автором которых он считает Ивана III.

В советской историко-юридической литературе наиболее крупные специальные исследования Судебника 1497 года принадлежат С.В. Юшкову и Л.В. Черепнину.

С точки зрения С.В. Юшкова, централизация территориальная предопределила централизацию законодательную. Однако господствовавшая в 20-е годы XX века концепция «торгового капитализма» при определении общественно-политического строя России периода XIV – XVI вв. оказала влияние и на труды, посвященные проблемам юридического оформления процесса ликвидации феодальной раздробленности и образования единого Российского государства. Судебник 1497 года трактуется С.В. Юшковым как памятник права, регламентировавший определенные социальные сдвиги на пути замены феодальных общественных отношений отношениями «торгового капитализма».

Солидаризируясь в основном с С.В. Юшковым по вопросам об источниках Судебника, а также в оценке ряда его статей и значения для процесса централизации Русского государства, Л.В. Черепнин предложил иное решение проблемы авторства Судебника 1497 года. Он пришел к выводу, что составителем Судебника не был и не мог быть сын боярский Владимир Гусев (этот вывод Л.В. Черепнина был подтвержден позднее А.Н. Насоновым), и предположил, что активное участие в создании Судебника принимали бояре-князья И.Ю. и В.И. Патрикеевы, С.И. Ряполовский, а также великокняжеские дьяки В. Долматов, Ф. Курицын и др.

Изучая вопрос об источниках Судебника 1497 года, С.В. Юшков и Л.В. Черепнин сделали заключение, что при его составлении были использованы не только Русская Правда, Псковская Судная грамота и уставные грамоты наместничьего управления. Например, дошедшие до нас Двинская 1397 года и Белозерская 1488 года уставные грамоты, в которых, помимо вопросов местного управления и суда, содержались и нормы материального, гражданского и уголовного права. Действовало также местное законодательство, определявшее корм наместника, судебные и торговые пошлины, уголовные штрафы, отношение наместника к суду центральному, а также законодательство присоединенных к Москве княжеств и земель. Так, помимо известных нам Псковской и Новгородской Судных грамот, В.Н. Татищев упоминает о не дошедших до нас ростовских и рязанских законах.

К источникам Судебника относятся правые и жалованные грамоты, указы и инструкции, касающиеся суда и управления, и издававшиеся как Московским, так и иными княжествами. Таков, в частности, «Указ наместников о суде городским», изданный в 1483 -1484 гг. в связи с массовой конфискацией земель крупных феодалов, противившихся централизации, и передачей этой земли дворянству. Указ предусматривал привлечение к участию в суде представителей верхов местного населения, регламентацию судебных пошлин, установление твердых сроков, которых должны придерживаться кормленщики, призываемые приставом к ответу. В Судебник также вошли «Указ о езду», содержащий таксу пошлин за поездку приставов в различные города Московского государства, и «Указ о недельщиках».

Источниками при составлении Судебника 1497 года служили грамоты отдельных княжеств, устанавливавшие сроки отказа крестьян, сроки исковой давности по земельным спорам и др. По мнению С.В. Юшкова, в Московском великом княжестве, вероятно, существовал и до Судебника 1497 года сборник правил о судопроизводстве, применявшийся в центральных судебных учреждениях и, весьма возможно, в тех областях, которые не получили уставных грамот. Этот сборник должен был включать в себя «…по крайней мере, исчисление пошлин и сборов, следуемых с тяжущихся в пользу судей и в пользу второстепенных органов, а также сборов, взимавшихся при выдаче различного рода официальных актов». Исследуя русские феодальные архивы XIV – XV вв., Л.В. Черепнин уточняет это предположение и приходит к выводу, что около 1491 года был составлен «московский сборник», воспринявший некоторые местные, особенно звенигородские, правовые нормы и являвшийся руководством для разбора в суде поземельных дел. Ликвидация земельных конфликтов во вновь присоединенных владениях была очередной задачей московского правительства.

Проводя доскональное сопоставление всего предшествовавшего законодательства с текстом Судебника 1497 года, С.В. Юшков пришел, однако, к выводу, что только в 27 статьях Судебника можно найти следы непосредственного влияния каких-либо известных нам юридических памятников или норм обычного права (12 статей из уставных грамот, 11 из Псковской Судной грамоты, 2 статьи из Русской Правды (ст. 55 Судебника о займах и ст. 66 о холопах) и 2 статьи из норм обычного права). Но при заимствовании из старых источников нормы права перерабатывались применительно к изменениям в социально-экономическом строе. Усиливая в связи с обострением классовой борьбы репрессии, Судебник вводит смертную казнь для лихих людей, тогда как статьи Белозерской уставной грамоты, послужившие источником соответствующих статей Судебника, предоставляли разрешение вопроса о наказании таких людей на усмотрение суда. Судебник изменяет по сравнению с прежним законодательством порядок обращения к суду, обязанности судей, вводит новое понятие института послушества и т.д.

40 статей, т.е. около 3/5 всего состава Судебника, не имеют какой-либо связи с дошедшими до нас памятниками. Они или извлечены из несохранившихся законодательных актов Ивана III, или принадлежат самому составителю Судебника и представляют, таким образом, новые нормы, не известные прежней судебной практике. Именно новизной Судебника объясняется, по мнению С.В. Юшкова, то обстоятельство, что далеко не все его статьи осуществлялись на практике. Часть их оставалась программой, пожеланием, для реализации которой требовалось время. Именно поэтому Судебник 1497 года был положен в основу царского Судебника 1550 года, а отдельные его положения и принципы получили дальнейшее развитие в последующем законодательстве. Роль и значение Судебника 1497 года особенно возрастают в свете исследований Л.В. Черепнина, И.И. Смирнова и Б.А. Романова, доказывающих отсутствие промежуточного памятника права, а именно – Судебника Василия III.