Кклиникалық көрінісі. Кене энцефалитінің жасырын (инкубациялық) кезеңі 1-3 аптаға созылады. Кейбір жағдайларда бастапқы клиникалық симптомдар кене шаққаннан кейін 3-5 күннен соң байқалады. Ауру жедел басталып, дене қызуы 39-400 дейін жетеді. Науқас қайта-қайта құсатынына, басының қатты ауыратынына шағымданады. Продромалды құбылыстар болмайды. Жалпы әлсіздік, мойын-иық бұлшық еттерінде ауырсыну сезімі сирек кездеседі. Кейде тамақтың қызаруы, бет, мойын кеуде терісінің қызаруы айқын білінеді. Кейде асқазан-ішек жолдарының бұзылулары байқалады.
Аурудың 2-3 күнінде дене қызуы төмендеп 4-5 күннен кейін қайта жоғарылайды.
Организмнің қорғаныстық қабілетіне және қоздырғыштың вируленттілігіне байланысты процесс барлық кезеңдерінен өтуі немесе өтпей сауығып кетуі мүмкін. Осыған сәйкес кене энцефалитінің жедел кезеңін бірнеше клиникалық түрге бөліп қарастырады. Менингеальды, полиомиелит тәрізді, энцефаломиелитті, полиэнцефаломиелитті. Сонымен қатар тек жалпы әлсіздік, тамақтың қызаруымен сипатталатын, жасырын түрде өтетін интеркурентті ауруларды есептен шығаруға болмайды.
Кене энцефалитінің менингельды түрі аурудың (энцефалитке дейінгі) кезеңінде дамитын серозды қабынуға негізделген. Клиникалық ағымында жедел басталуы. Гипертермия. Жалпы инфекциялық белгілер, бас ауру, құсу, басқада менингеальды симптомдар байқалады. Бас сүйек іші гипертензиясына негізделген ауыспалы өзгерістер анықталады: бет ассиметриясы, анизокория, нистагм, сіңір рефлекстерінің жоғарлауы немесе төмендеуі. Шеткері қанда аздаған лимфоцитарлы лейкоцитоз, кейде таяқша ядролы лейкоциттердің көбеюі, ЭТЖ (СОЭ) жылдамдауы байқалады.
Жұоын сұйықтығының қысымы жоғары (220-300мм су бағанасы бойынша), клеткалы-белктық диссоциация анықталады, белок жоғарылайды (1,65-2г/л). Ликвор қант қалыпты мөлшерде, кейде 0,85-0,9 г/л-ге дейін жоғарлайды.
2-ші аптаның аяғында жұлын сұйықтығының көрсеткіштері қалыпқа келеді. Менингеальды түрінің жалпы ұзақтығы 2-3 аптадан аспайды. Науқаста жызылғаннан кейін біраз аптаға дейін вегетотамырлық дистония синдромы, тез шаршағыштық байқалады. Кене энцефалитінің қатерсіз ағымы аурудың созылмалы кезеңінің клинкасының дамуына әкелуі мүмкін.