Образовательная программа «6D060722- молекулярная и клеточная биология»


Взаимодействие межгенных miRNA с мРНК генов, участвующих в онкогенезе



бет6/11
Дата11.07.2016
өлшемі2.9 Mb.
#192326
түріОбразовательная программа
1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11


3.3 Взаимодействие межгенных miRNA с мРНК генов, участвующих в онкогенезе

Для определения микроРНК, играющих ключевую роль в регуляции трансляции белок кодирующих генов, участвующих в развитии РТК, была разработана методика поиска сайтов взаимодействия микроРНК с высокой комплементарностью по всей последовательности сайта. Для этого был введен параметр ΔG/ΔGm, который определяет долю энергии взаимодействия определенного сайта микроРНК от максимально возможной энергии гибридизации для этой микроРНК. Значение коэффициента Стьюдента для сайтов не должно быть ниже p<0.0005. Минимальное значение параметра ΔG/ΔGm зависит от длины микроРНК (min-70%, max -85%), это значения для всех микроРНК представлено в таблице 8.

В результате изучения связывания 784 межгенных микроРНК с мРНК 54 белок-кодирующих генов человека установлено, что 47 мРНК являются мишенями и мРНК семи генов (ABCB1, MSH2, MSH3, MYC, PROM1, SNAI1, TNFSF10) не имеют сайтов связывания с межгенными микроРНК при установленных критериях взаимодействия. Только 120 микроРНК из 784 межгенных микроРНК действуют на мРНК 47 генов, которые имеют 185 сайтов связывания межгенных микроРНК. Большинство обнаруженных сайтов имеют Г:У пары и очень высокий уровень комплементарности [327].

В таблице 11 приведены результаты исследования взаимодействия межгенных микроРНК с мРНК 47 генов, каждая из которых связывает от одной до несколько межгенных микроРНК. Некоторые из этих мРНК связывают шесть и более межгенных микроРНК. Например, мРНК генов AXIN1, CCND1, CDH1, GSK3B FLCN, MMP2, SMAD4, SRC, VEGFA имеют от 6 до 13 сайтов для связывания микроРНК, что значительно больше среднего числа сайтов связывания микроРНК в расчете на одну мРНК 47 генов и равного 3,9. мРНК гена SRC имеет в CDS два сайта, в 3'UTR девять сайтов связывания с микроРНК. Из данных, представленных в таблице 11 видно, что большинство мРНК имеют по одному сайту связывания для одной микроРНК. Некоторые микроРНК связываются с несколькими мРНК. Например, miR-4472 связывается с мРНК семи генов, а miR-1279 имеет пять мРНК-мишеней [327].

Между длиной изученных мРНК и числом сайтов связывания микроРНК отсутствует связь, т.к. коэффициент корреляции равен -0,061. Плотность сайтов связывания разных микроРНК с мРНК изученных генов существенно отличалась. 23%, 42%, 35% сайтов находятся в 5'UTR, CDS и 3'UTRs соответственно для 47 мРНК. Для мРНК, представленных в таблице 12, плотность сайтов изменялась от 0,18 s/l (мРНК APC) до 3,17 s/l (мРНК SRC). В среднем плотность сайтов составляла 0,99 s/l сайтов на тысячу нуклеотидов для мРНК. мРНК гена SRC имеет наибольшую плотность сайтов связывания, что предполагает важную роль межгенных микроРНК в регуляции экспрессии этого гена [327].

Таблица 11 - Сайты взаимодействия 47 мРНК с межгенными микроРНК




Гены

микроРНК

Позиция сайта, н

Участок мРНК

ΔG

(kcal/mol)



P<

ΔG/ΔGm, %

L mir, н

ABCC2

hsa-miR-1246

4484

CDS

-29,1

0,00030

82,4

19

 

hsa-miR-4455

2725

CDS

-26,4

0,0 0,00032

83,3

17

ABCG2

hsa-miR-4455

416

5'UTR

-28

0,00019

88,3

17

 

hsa-miR-4472

82

5'UTR

-31,5

0,00036

81,8

18

ADAM29

hsa-miR-4284

23

5'UTR

-35,1

0,00028

84,0

18

ALCAM

hsa-miR-1279

4300

3'UTR

-24,9

0,00019

88,3

17

 

hsa-miR-21*

304

5'UTR

-39,1

0,00018

85,0

21

 

hsa-miR-4472

478

5'UTR

-31,1

0,00040

80,8

18

APC

hsa-miR-302f

2287

CDS

-27,6

0,00007

99,6

17

 

hsa-miR-4693-5p

9172

3'UTR

-37

0,00008

89,8

23

AXIN1

hsa-miR-1204

2033

CDS

-35,9

0,00037

78,9

21

 

hsa-miR-1268

288

5'UTR

-39,5

0,00030

83,2

18

 

hsa-miR-1587

2006

CDS

-39,6

0,00039

79,4

20

 

hsa-miR-324-5p

1891

CDS

-39,3

0,00051

74,4

23

 

hsa-miR-365*

1210

CDS

-41,5

0,00024

81,2

22

 

hsa-miR-4307

1072

CDS

-26,0

0,00021

85,5

19

AXIN2

hsa-miR-125b-1*

3

5'UTR

-38,1

0,00053

75,29

22

 

hsa-miR-339-5p

2956

3'UTR

-41,9

0,00043

75,49

23

 

hsa-miR-4488

1765

CDS

-43,7

0,00020

86,70

18

 

hsa-miR-760

3622

3'UTR

-38,9

0,00046

78,11

20

BAD

hsa-miR-1538

28

5'UTR

-43,2

0,00055

73,97

23

 

hsa-miR-3180

565

CDS

-38,1

0,00043

79,54

19

 

hsa-miR-4665-5p

368

CDS

-46,4

0,00025

79,31

23

BAX

hsa-miR-4275

703

3'UTR

-24,9

0,00022

86,75

17

BRAF

hsa-miR-1260b

76

CDS

-36,8

0,00024

84,21

19

 

hsa-miR-4458

1012

CDS

-32,7

0,00029

82,78

19

BUB1

hsa-miR-4727-3p

1037

CDS

-35,4

0,00043

76,78

22

CCND1

hsa-miR-1260b

2245

3'UTR

-34,4

0,00047

78,71

19

 

hsa-miR-223

2261

3'UTR

-32

0,00047

76,00

22

 

hsa-miR-3180-5p

2250

3'UTR

-45,1

0,00031

74,54

25

 

hsa-miR-4481

1892

3'UTR

-34

0,00028

84,36

17

 

hsa-miR-4487

2022

3'UTR

-37,6

0,00024

84,11

19

 

hsa-miR-507

2113

3'UTR

-29,9

0,00041

78,06

21

CD44

hsa-miR-1268

368

5'UTR

-38,8

0,00036

81,68

18

 

hsa-miR-4455

46

5'UTR

-26,9

0,00027

84,85

17

CDH1

hsa-miR-1285

3677

3'UTR

-36,7

0,00032

78,75

22

 

hsa-miR-1587

57

5'UTR

-42,2

0,00020

84,56

20

 

hsa-miR-4472

1890

CDS

-32,6

0,00025

84,67

18

 

hsa-miR-4481

49

5'UTR

-34,5

0,00025

85,60

17

 

hsa-miR-4488

195

CDS

-43,0

0,00023

85,31

18

 

hsa-miR-4507

62

5'UTR

-46,4

0,00010

90,98

20

 

hsa-miR-4710

92

5'UTR

-36,6

0,00027

83,94

18

CTNNB1

hsa-miR-4708-5p

2983

3'UTR

-36,9

0,00041

78,01

21

DLC1

hsa-miR-4307

466

CDS

-23,9

0,00048

78,61

19


Достарыңызбен бөлісу:
1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11




©dereksiz.org 2024
әкімшілігінің қараңыз

    Басты бет