|
Продолжение таблицы 11
Гены
|
микроРНК
|
Позиция сайта, н
|
Участок мРНК
|
ΔG
(kcal/mol)
|
P<
|
ΔG/ΔGm, %
|
L mir, н
|
DLC1
|
hsa-miR-4736
|
3515
|
CDS
|
-35,4
|
0,00027
|
83,09
|
19
|
|
hsa-miR-4472
|
3158
|
CDS
|
-31,4
|
0,00036
|
81,55
|
18
|
EGFR
|
hsa-miR-4253
|
2633
|
CDS
|
-35,7
|
0,00047
|
79,51
|
18
|
|
hsa-miR-4483
|
114
|
5'UTR
|
-33,9
|
0,00012
|
92,37
|
17
|
|
hsa-miR-4795-3p
|
489
|
CDS
|
-30,7
|
0,00028
|
79,74
|
22
|
|
hsa-miR-525-5p
|
1852
|
CDS
|
-35,2
|
0,00038
|
78,57
|
21
|
|
hsa-miR-544
|
3816
|
CDS
|
-28,3
|
0,00035
|
78,17
|
22
|
ENG
|
hsa-miR-1587
|
207
|
5'UTR
|
-38,7
|
0,00050
|
77,55
|
20
|
|
hsa-miR-4327
|
313
|
5'UTR
|
-36
|
0,00048
|
78,60
|
19
|
|
hsa-miR-4456
|
964
|
CDS
|
-29
|
0,00037
|
82,15
|
17
|
|
hsa-miR-4472
|
2761
|
3'UTR
|
-32,4
|
0,00026
|
84,15
|
18
|
EP300
|
hsa-miR-4481
|
5992
|
CDS
|
-33,6
|
0,00032
|
83,37
|
17
|
|
hsa-miR-4483
|
6356
|
CDS
|
-31,4
|
0,00025
|
85,55
|
17
|
|
hsa-miR-4717-3p
|
5548
|
CDS
|
-38,4
|
0,00049
|
76,8
|
21
|
EPCAM
|
hsa-miR-4456
|
112
|
5'UTR
|
-30,6
|
0,00022
|
86,68
|
17
|
FLCN
|
hsa-miR-125b-1*
|
68
|
5'UTR
|
-38,9
|
0,00041
|
76,87
|
22
|
|
hsa-miR-1285
|
3114
|
3'UTR
|
-36,4
|
0,00035
|
78,11
|
22
|
|
hsa-miR-150*
|
863
|
CDS
|
-43,9
|
0,00021
|
81,90
|
22
|
|
hsa-miR-1972
|
3374
|
3'UTR
|
-48,2
|
0,00009
|
89,92
|
22
|
|
hsa-miR-4508
|
678
|
CDS
|
-40,3
|
0,00026
|
85,20
|
17
|
|
hsa-miR-4727-5p
|
1503
|
CDS
|
-39,3
|
0,00019
|
83,97
|
21
|
|
hsa-miR-515-3p
|
1099
|
CDS
|
-34,9
|
0,00033
|
78,42
|
22
|
FZD7
|
hsa-miR-194*
|
577
|
CDS
|
-36,9
|
0,00052
|
75,30
|
22
|
|
hsa-miR-4516
|
1785
|
CDS
|
-35,6
|
0,00037
|
82,02
|
17
|
GNAS
|
hsa-miR-1268
|
308
|
5'UTR
|
-40,2
|
0,00025
|
84,63
|
18
|
|
hsa-miR-1587
|
239
|
5'UTR
|
-39,5
|
0,00040
|
79,158
|
20
|
|
hsa-miR-4466
|
189
|
5'UTR
|
-42
|
0,00036
|
81,71
|
18
|
|
hsa-miR-4507
|
250
|
5'UTR
|
-39,5
|
0,00050
|
77,45
|
20
|
|
hsa-miR-4787-5p
|
338
|
5'UTR
|
-45,4
|
0,00053
|
75,16
|
22
|
GSK3B
|
hsa-let-7a*
|
6823
|
3'UTR
|
-26,6
|
0,00058
|
75,56
|
21
|
|
hsa-miR-1268
|
16
|
5'UTR
|
-38,8
|
0,00036
|
81,68
|
18
|
|
|
361
|
5'UTR
|
-38,7
|
0,00037
|
81,47
|
18
|
|
hsa-miR-4265
|
4020
|
3'UTR
|
-38,2
|
0,00027
|
83,22
|
19
|
|
hsa-miR-4656
|
419
|
5'UTR
|
-47,6
|
0,00022
|
80,40
|
23
|
|
hsa-miR-466
|
4716
|
3'UTR
|
-37,4
|
0,00010
|
87,58
|
23
|
|
hsa-miR-4666-3p
|
3448
|
3'UTR
|
-27,3
|
0,00028
|
81,00
|
21
|
|
hsa-miR-4710
|
4046
|
3'UTR
|
-34,6
|
0,00048
|
79,35
|
18
|
|
hsa-miR-4732-3p
|
3170
|
3'UTR
|
-41
|
0,00017
|
85,23
|
21
|
|
hsa-miR-4787-5p
|
7
|
5'UTR
|
-47,2
|
0,00035
|
78,14
|
22
|
|
hsa-miR-568
|
3544
|
3'UTR
|
-23,9
|
0,00049
|
77,59
|
20
|
|
|
4699
|
3'UTR
|
-26,1
|
0,00020
|
84,74
|
20
|
|
hsa-miR-876-5p
|
960
|
5'UTR
|
-31,3
|
0,00033
|
78,44
|
22
|
KIT
|
hsa-miR-3147
|
4505
|
3'UTR
|
-41,7
|
0,00050
|
73,28
|
24
|
|
hsa-miR-4776-3p
|
648
|
CDS
|
-37,9
|
0,00054
|
74,02
|
23
|
Продолжение таблицы 11
Гены
|
микроРНК
|
Позиция сайта, н
|
Участок мРНК
|
ΔG
(kcal/mol)
|
P<
|
ΔG/ΔGm, %
|
L mir, н
|
KIT
|
hsa-miR-544
|
2796
|
CDS
|
-28
|
0,00039
|
77,34
|
22
|
KLF12
|
hsa-miR-221*
|
3462
|
3'UTR
|
-32,1
|
0,00028
|
79,85
|
22
|
|
hsa-miR-4328
|
1269
|
CDS
|
-27,5
|
0,00035
|
82,58
|
17
|
|
hsa-miR-466
|
67
|
5'UTR
|
-34,2
|
0,00023
|
80,09
|
23
|
|
hsa-miR-4704-3p
|
7943
|
3'UTR
|
-31,6
|
0,00044
|
76,51
|
22
|
KRAS
|
hsa-miR-499a-3p
|
1989
|
3'UTR
|
-31
|
0,00036
|
77,88
|
22
|
|
hsa-miR-548ak
|
3927
|
3'UTR
|
-27,2
|
0,00043
|
77,71
|
21
|
MET
|
hsa-miR-4307
|
2579
|
CDS
|
-24,7
|
0,00034
|
81,25
|
19
|
MLH1
|
hsa-miR-2113
|
1458
|
CDS
|
-34,1
|
0,00028
|
80,99
|
21
|
|
hsa-miR-320a
|
2278
|
CDS
|
-36,7
|
0,00044
|
76,45
|
22
|
|
hsa-miR-320c
|
2281
|
CDS
|
-34,7
|
0,00026
|
82,61
|
20
|
|
hsa-miR-4795-3p
|
1971
|
CDS
|
-28,9
|
0,00054
|
75,06
|
22
|
MLH3
|
hsa-miR-1205
|
4527
|
CDS
|
-31,3
|
0,00056
|
76,71
|
20
|
|
hsa-miR-221
|
6103
|
3'UTR
|
-35,2
|
0,00044
|
75,37
|
23
|
|
hsa-miR-378b
|
6094
|
3'UTR
|
-37,6
|
0,00012
|
90,60
|
19
|
|
hsa-miR-378d
|
6094
|
3'UTR
|
-30,9
|
0,00056
|
76,67
|
20
|
|
hsa-miR-384
|
1375
|
CDS
|
-24,2
|
0,00055
|
76,82
|
20
|
|
hsa-miR-4795-3p
|
3670
|
CDS
|
-28,7
|
0,00059
|
74,54
|
22
|
MMP2
|
hsa-miR-1205
|
202
|
5'UTR
|
-31,7
|
0,00049
|
77,69
|
20
|
|
hsa-miR-154
|
1231
|
CDS
|
-35,5
|
0,00027
|
80,13
|
22
|
|
hsa-miR-212
|
49
|
5'UTR
|
-38
|
0,00025
|
81,72
|
21
|
|
hsa-miR-3130-5p
|
120
|
5'UTR
|
-38,8
|
0,00054
|
76,07
|
21
|
|
hsa-miR-3202
|
2607
|
3'UTR
|
-32,6
|
0,00041
|
76,88
|
22
|
|
hsa-miR-4665-3p
|
126
|
5'UTR
|
-54,1
|
0,00018
|
75,87
|
26
|
|
hsa-miR-4665-5p
|
334
|
CDS
|
-43,7
|
0,00049
|
74,70
|
23
|
MMP9
|
hsa-miR-3186-5p
|
1109
|
CDS
|
-38,1
|
0,00034
|
78,23
|
22
|
|
hsa-miR-4443
|
442
|
CDS
|
-29,4
|
0,00037
|
82,12
|
17
|
|
hsa-miR-4530
|
2142
|
CDS
|
-36,6
|
0,00043
|
80,26
|
18
|
MSH6
|
hsa-miR-1279
|
964
|
CDS
|
-25,2
|
0,00016
|
89,36
|
17
|
|
hsa-miR-141*
|
1718
|
CDS
|
-33,5
|
0,00042
|
76,83
|
22
|
|
hsa-miR-4527
|
2813
|
CDS
|
-34,3
|
0,00042
|
76,73
|
22
|
|
hsa-miR-4787-5p
|
249
|
CDS
|
-46,9
|
0,00037
|
77,64
|
22
|
MTHFR
|
hsa-miR-1260
|
6314
|
3'UTR
|
-38,7
|
0,00013
|
90,42
|
18
|
|
hsa-miR-4269
|
3651
|
3'UTR
|
-42,5
|
0,00028
|
80,95
|
21
|
|
hsa-miR-4456
|
3254
|
3'UTR
|
-29,5
|
0,00031
|
83,56
|
17
|
|
hsa-miR-4665-5p
|
4252
|
3'UTR
|
-43,1
|
0,00057
|
73,67
|
23
|
|
hsa-miR-513b
|
2466
|
3'UTR
|
-30,3
|
0,00052
|
75,37
|
22
|
|
hsa-miR-513c
|
2466
|
3'UTR
|
-32,2
|
0,00041
|
77,03
|
22
|
|
hsa-miR-720
|
1725
|
CDS
|
-37,5
|
0,00023
|
86,40
|
17
|
MUTYH
|
hsa-miR-331-5p
|
1252
|
CDS
|
-38,8
|
0,00037
|
77,6
|
22
|
|
hsa-miR-4278
|
1596
|
CDS
|
-31,9
|
0,00044
|
79,94
|
18
|
PIK3CA
|
hsa-miR-4787-5p
|
11
|
5'UTR
|
-47,7
|
0,00031
|
78,97
|
22
|
PMS1
|
hsa-miR-4464
|
3170
|
CDS
|
-29,8
|
0,00029
|
80,54
|
21
|
|
hsa-miR-4746-3p
|
56
|
5'UTR
|
-44,6
|
0,00026
|
81,38
|
21
|
Продолжение таблицы 11
Гены
|
микроРНК
|
Позиция сайта, н
|
Участок мРНК
|
ΔG
(kcal/mol)
|
P<
|
ΔG/ΔGm, %
|
L mir, н
|
PMS1
|
hsa-miR-9
|
2912
|
CDS
|
-31,6
|
0,00042
|
75,59
|
23
|
PMS2
|
hsa-miR-1279
|
1497
|
CDS
|
-23,4
|
0,00033
|
82,97
|
17
|
PTEN
|
hsa-miR-3187-5p
|
1007
|
5'UTR
|
-41,7
|
0,00047
|
74,86
|
23
|
|
hsa-miR-3195
|
69
|
5'UTR
|
-39,5
|
0,00024
|
85,86
|
17
|
|
hsa-miR-3676
|
514
|
5'UTR
|
-33,9
|
0,00048
|
77,75
|
20
|
|
hsa-miR-3677-5p
|
802
|
5'UTR
|
-40
|
0,00054
|
75,04
|
22
|
|
hsa-miR-4472
|
495
|
5'UTR
|
-31,7
|
0,00033
|
82,33
|
18
|
PTPN12
|
hsa-miR-1279
|
927
|
CDS
|
-24,4
|
0,00022
|
86,52
|
17
|
|
hsa-miR-4711-3p
|
2438
|
3'UTR
|
-28,9
|
0,00045
|
79,83
|
18
|
|
hsa-miR-548m
|
2352
|
CDS
|
-25,4
|
0,00053
|
76,27
|
21
|
SMAD4
|
hsa-miR-1268
|
4413
|
3'UTR
|
-39,3
|
0,00031
|
82,73
|
18
|
|
hsa-miR-1285
|
4290
|
3'UTR
|
-35,9
|
0,00041
|
77,03
|
22
|
|
hsa-miR-1972
|
4547
|
3'UTR
|
-43,1
|
0,00026
|
80,41
|
22
|
|
hsa-miR-3195
|
338
|
5'UTR
|
-38,2
|
0,00033
|
83,04
|
17
|
|
hsa-miR-4645-5p
|
5621
|
3'UTR
|
-27,4
|
0,00042
|
79,65
|
19
|
|
hsa-miR-513a-5p
|
6663
|
3'UTR
|
-32,2
|
0,00027
|
83,85
|
18
|
SRC
|
hsa-miR-129-5p
|
2064
|
3'UTR
|
-33,4
|
0,00058
|
75,56
|
21
|
|
hsa-miR-302f
|
2950
|
3'UTR
|
-24,4
|
0,00019
|
88,08
|
17
|
|
hsa-miR-320a
|
2923
|
3'UTR
|
-38,9
|
0,00024
|
81,04
|
22
|
|
hsa-miR-320b
|
2923
|
3'UTR
|
-39,6
|
0,00014
|
85,52
|
22
|
|
hsa-miR-320c
|
2924
|
3'UTR
|
-35,9
|
0,00018
|
85,47
|
20
|
|
hsa-miR-320d
|
2926
|
3'UTR
|
-31,3
|
0,00038
|
80,46
|
19
|
|
hsa-miR-4278
|
679
|
CDS
|
-32,9
|
0,00032
|
82,45
|
18
|
|
hsa-miR-4327
|
554
|
CDS
|
-35,8
|
0,00051
|
78,16
|
19
|
|
hsa-miR-4436a
|
2128
|
3'UTR
|
-36,5
|
0,00044
|
77,49
|
21
|
|
hsa-miR-4466
|
2501
|
3'UTR
|
-41,1
|
0,00044
|
79,96
|
18
|
|
hsa-miR-4521
|
1273
|
CDS
|
-35,2
|
0,00056
|
74,89
|
22
|
|
hsa-miR-466
|
3552
|
3'UTR
|
-32
|
0,00047
|
74,94
|
23
|
|
hsa-miR-568
|
3564
|
3'UTR
|
-26,2
|
0,00019
|
85,06
|
20
|
TGFBR2
|
hsa-miR-30b*
|
4583
|
3'UTR
|
-33,8
|
0,00050
|
75,61
|
22
|
|
hsa-miR-377*
|
1364
|
CDS
|
-35,6
|
0,00034
|
78,24
|
22
|
|
hsa-miR-4472
|
116
|
5'UTR
|
-31,4
|
0,00036
|
81,55
|
18
|
TP53
|
hsa-miR-1285
|
2298
|
3'UTR
|
-46
|
0,00004
|
98,71
|
22
|
|
hsa-miR-2392
|
1540
|
3'UTR
|
-36,5
|
0,00042
|
78,66
|
20
|
|
hsa-miR-4430
|
1418
|
3'UTR
|
-34,5
|
0,00045
|
79,86
|
18
|
VDR
|
hsa-miR-1275
|
2694
|
3'UTR
|
-35,4
|
0,00029
|
84,28
|
17
|
|
hsa-miR-1587
|
3066
|
3'UTR
|
-41,7
|
0,00023
|
83,56
|
20
|
|
hsa-miR-4298
|
1092
|
CDS
|
-40,6
|
0,00052
|
75,32
|
22
|
|
hsa-miR-4507
|
3066
|
3'UTR
|
-41,6
|
0,00029
|
81,56
|
20
|
|
hsa-miR-4650-5p
|
881
|
CDS
|
-31
|
0,00046
|
78,88
|
19
|
VEGFA
|
hsa-let-7i*
|
858
|
CDS
|
-36,7
|
0,00056
|
74,89
|
22
|
|
hsa-miR-302f
|
2364
|
3'UTR
|
-24
|
0,00022
|
86,64
|
17
|
|
hsa-miR-328
|
615
|
CDS
|
-40,6
|
0,00053
|
75,18
|
22
|
|
hsa-miR-4483
|
963
|
CDS
|
-32,2
|
0,00019
|
87,73
|
17
|
Продолжение таблицы 11
VEGFA
|
hsa-miR-4488
|
596
|
CDS
|
-44,3
|
0,00017
|
87,89
|
18
|
|
hsa-miR-520d-3p
|
982
|
CDS
|
-33,3
|
0,00048
|
75,85
|
22
|
|
hsa-miR-568
|
3310
|
3'UTR
|
-24,2
|
0,00043
|
78,57
|
20
|
|
hsa-miR-760
|
975
|
CDS
|
-39,4
|
0,00040
|
79,11
|
20
|
ZEB1
|
hsa-miR-1279
|
1131
|
CDS
|
-25,2
|
0,00016
|
89,36
|
17
|
|
hsa-miR-3613-5p
|
3405
|
CDS
|
-24,3
|
0,00031
|
78,89
|
22
|
|
hsa-miR-4307
|
3328
|
CDS
|
-24,3
|
0,00040
|
79,93
|
19
|
|
hsa-miR-4663
|
6103
|
3'UTR
|
-46,1
|
0,00012
|
83,66
|
24
|
|
hsa-miR-4732-3p
|
3326
|
CDS
|
-36,7
|
0,00052
|
76,29
|
21
|
мРНК изученных генов отличаются по связыванию межгенные микроРНК в 5'UTR, CDS и 3'UTR (таблица 12). Средняя плотность сайтов связывания микроРНК в 5'UTR, CDS и 3'UTR мРНК всех 47 генов составляла 2,80 s/l; 0,77 s/l и 0,69 s/l соответственно. Средняя плотность связывания miRNA в 5'UTR выше, чем в CDS в 3,36 раза и в 4,1 раза больше, чем в 3'UTR. Полученные данные свидетельствуют, что микроРНК могут связываться с 5'UTR и CDS, а не только с 3'UTR. мРНК генов GNAS, PTEN связывают каждая по пять межгенных микроРНК и все только в 5'UTR. мРНК генов CCND1, MTHFR, SMAD4 и SRC связывают межгенные микроРНК предпочтительно в 3'UTR. Это свидетельствует о специфическом взаимодействии микроРНК с мРНК [327].
Канонические сайты взаимодействия подразделяются на три вида (рисунок 6). В нашем исследовании были определены сайты взаимодействия с высоким уровнем комплементарности по всей последовательности микроРНК. Большинство таких сайтов взаимодействия имеют некоторые отличительные характеристики, поэтому не могут быть отнесены к каноническим сайтам. Во первых, эти сайты имеют Г:У пары в seed области — это область от 2 по 8 нуклеотид 5' конца микроРНК [14]. Во вторых, у сайтов, описанных нами, количество неспаренных нуклеотид в центральной области сайта равняется 1 н. на каждой цепи, тогда как в канонических сайтах количество неспаренных нуклеотид обычно превышает 1 н. на каждой цепи. В результате анализа структуры сайтов микроРНК разработана новая классификация сайтов связывания с высокой комплементарностью. Сайты связывания по преимущественному вкладу в энергию взаимодействия участков микроРНК поделены на три типа связывания: 1) 5'-доминантный сайт, где преобладает вклад 5'-участка микроРНК (miR-4455:ABCG2 мРНК и miR-1279:PTPN12 мРНК); 2) 3'доминантный сайт с основным вкладом 3'-участка микроРНК (miR-1972: FLCN мРНК и miR-4455:CD44 мРНК); 3) сайт с центральным доминированием по вкладу микроРНК (miR-1285:TP53 мРНК и miR-320f: APC-1 мРНК).
Таблица 12 - Характеристики взаимодействия микроРНК с 47 мРНК [327]
Ген
|
L. гена
|
L. 5'UTR
|
L. CDS
|
L. 3'UTR
|
сайты с p<0.0005
|
s/L.
|
s/5'UTR
|
s/CDS
|
s/3'UTR
|
ABCC2
|
5051
|
139
|
4638
|
274
|
2
|
0,40
|
0,00
|
0,43
|
0,00
|
ABCG2
|
4431
|
493
|
1968
|
1970
|
2
|
0,45
|
4,06
|
0,00
|
0,00
|
ADAM29
|
3325
|
670
|
2463
|
192
|
1
|
0,30
|
1,49
|
0,00
|
0,00
|
ALCAM
|
4741
|
540
|
1752
|
2449
|
3
|
0,63
|
3,70
|
0,00
|
0,41
|
APC
|
10840
|
193
|
8533
|
2114
|
2
|
0,18
|
0,00
|
0,12
|
0,47
|
AXIN1
|
3675
|
389
|
2589
|
697
|
6
|
1,63
|
2,57
|
1,93
|
0,00
|
AXIN2
|
4234
|
289
|
2531
|
1414
|
4
|
0,94
|
3,46
|
0,40
|
1,41
|
BAD
|
970
|
82
|
507
|
381
|
3
|
3,09
|
12,20
|
3,94
|
0,00
|
BAX
|
810
|
69
|
580
|
161
|
1
|
1,23
|
0,00
|
0,00
|
6,21
|
BRAF
|
2944
|
61
|
2302
|
581
|
2
|
0,68
|
0,00
|
0,87
|
0,00
|
BUB1
|
3502
|
112
|
3259
|
131
|
1
|
0,29
|
0,00
|
0,31
|
0,00
|
CCND1
|
4289
|
209
|
889
|
3191
|
6
|
1,40
|
0,00
|
0,00
|
1,88
|
CD44
|
4589
|
434
|
1087
|
3068
|
2
|
0,44
|
4,61
|
0,00
|
0,00
|
CDH1
|
4815
|
125
|
2649
|
2041
|
7
|
1,45
|
32,00
|
0,76
|
0,49
|
CTNNB1
|
3720
|
268
|
2346
|
1106
|
1
|
0,27
|
0,00
|
0,00
|
0,90
|
DLC1
|
7479
|
444
|
4587
|
2448
|
3
|
0,40
|
0,00
|
0,65
|
0,00
|
EGFR
|
5601
|
246
|
3633
|
1722
|
5
|
0,89
|
4,06
|
1,10
|
0,00
|
EPCAM
|
1719
|
358
|
945
|
416
|
1
|
0,58
|
2,79
|
0,00
|
0,00
|
ENG
|
3060
|
413
|
1977
|
670
|
4
|
1,31
|
4,84
|
0,51
|
1,49
|
EP300
|
8761
|
395
|
7246
|
1120
|
3
|
0,34
|
0,00
|
0,41
|
0,00
|
FLCN
|
3687
|
504
|
1740
|
1443
|
7
|
1,90
|
1,98
|
2,30
|
1,39
|
FZD7
|
3851
|
61
|
1725
|
2065
|
2
|
0,52
|
0,00
|
1,16
|
0,00
|
GNAS
|
1907
|
356
|
1185
|
366
|
5
|
2,62
|
14,04
|
0,00
|
0,00
|
GSK3B
|
7121
|
983
|
1302
|
4636
|
13
|
1,82
|
5,09
|
0,00
|
1,72
|
KIT
|
5174
|
87
|
2932
|
2155
|
3
|
0,58
|
0,00
|
0,68
|
0,46
|
KLF12
|
10909
|
222
|
1209
|
9478
|
4
|
0,37
|
4,50
|
0,83
|
0,21
|
KRAS
|
5297
|
181
|
568
|
4548
|
2
|
0,38
|
0,00
|
0,00
|
0,44
|
MET
|
6676
|
187
|
4227
|
2262
|
1
|
0,15
|
0,00
|
0,24
|
0,00
|
MLH1
|
2662
|
198
|
2272
|
192
|
4
|
1,50
|
0,00
|
1,76
|
0,00
|
MLH3
|
7896
|
216
|
4363
|
3317
|
6
|
0,76
|
0,00
|
0,69
|
0,90
|
MMP2
|
3549
|
311
|
1983
|
1255
|
7
|
1,97
|
12,86
|
1,01
|
0,80
|
MMP9
|
2387
|
19
|
2124
|
244
|
3
|
1,26
|
0,00
|
1,41
|
0,00
|
MSH6
|
4328
|
152
|
4084
|
92
|
4
|
0,92
|
0,00
|
0,98
|
0,00
|
MTHFR
|
7150
|
229
|
1972
|
4949
|
7
|
0,98
|
0,00
|
0,51
|
1,21
|
MUTYH
|
1945
|
216
|
1650
|
79
|
2
|
1,03
|
0,00
|
1,21
|
0,00
|
PIK3CA
|
3712
|
157
|
3207
|
348
|
1
|
0,27
|
6,37
|
0,00
|
0,00
|
PMS1
|
3538
|
529
|
2799
|
210
|
3
|
0,85
|
1,89
|
0,71
|
0,00
|
PMS2
|
2836
|
87
|
2589
|
160
|
1
|
0,35
|
0,00
|
0,39
|
0,00
|
PTEN
|
5572
|
1031
|
1212
|
3329
|
5
|
0,90
|
4,85
|
0,00
|
0,00
|
PTPN12
|
3225
|
91
|
2343
|
791
|
3
|
0,93
|
0,00
|
0,85
|
1,26
|
SMAD4
|
8769
|
538
|
1660
|
6571
|
6
|
0,68
|
1,86
|
0,00
|
0,76
|
SRC
|
4097
|
449
|
1612
|
2036
|
13
|
3,17
|
0,00
|
1,86
|
4,91
|
TGFBR2
|
4704
|
382
|
1779
|
2543
|
3
|
0,64
|
2,62
|
0,56
|
0,39
|
TP53
|
2586
|
197
|
1182
|
1207
|
3
|
1,16
|
0,00
|
0,00
|
2,49
|
VEGFA
|
3663
|
498
|
1239
|
1926
|
8
|
2,18
|
0,00
|
4,84
|
1,04
|
VDR
|
5060
|
401
|
1434
|
3225
|
5
|
0,99
|
0,00
|
1,39
|
0,93
|
ZEB1
|
6268
|
391
|
3327
|
2551
|
5
|
0,80
|
0,00
|
1,20
|
0,39
|
Ср. знач
|
4619,68
|
310,68
|
2424,79
|
1874,98
|
3,94
|
0,99
|
2,80
|
0,77
|
0,69
|
Обозначения s/l, s/5'UTR, s/CDS, s/3'UTR - отношение числа сайтов (s) к длине нуклеотидной последовательности этих участков умноженное на 103 (s/l)
|
Следовательно, преимущественный вклад в энергию взаимодействия микроРНК с мРНК могут вносить все участки микроРНК. Первый вид взаимодействия имеет полную комплементарность в 5'конца и имеет не спаренные нуклеотиды с 3'конца микроРНК. Второй вид сайтов микроРНК имеет мисматчи в 5'конце микроРНК. Третий вид взаимодействия характеризуется неспаренными нуклеотидами с обоих концов сайта. Схемы взаимодействия для некоторых генов представлены в таблице 13, где наглядно представлена степень комплементарности пар микроРНК и мРНК-мишени в описанных сайтах.
В рузультате изучения сайтов связывания микроРНК и их характеристик были опубликованы ряд статей и тезисов [326-345].
Таблица 13 - Схемы взаимодействия микроРНК с мРНК мишенями
мРНК FLCN 5' G C 3'
UGAGCCACUGUGCCUGGCC
ACUCGGUGACACGGACCGG
miRNA-1972 3' ACU5'
|
|
мРНК TP53 5'U C3'
GGGUCUCGCUUUGUUGCCCAGG
UCCAGAGUGAAACAACGGGUCU
miR-1285 3' 5'
|
3’UTR,3374 ΔG = -48,2 ΔG/ΔGm = 89,9
|
|
3’UTR,2298 ΔG = -46,0 ΔG/ΔGm = 98,7
|
|
|
|
APC 5'A U A3'
UGUGGC GUGAAAUUCACAGUA
ACACUG CACUUUAAGUGUCAU
miR-4693-5p 3' U A5'
|
|
TP53 5'A C C 3'
GCCUC CACCCCCAUCU
UGGAG GUGGGGGUAGG
miR-2392 3'G A AU 5'
|
3'UTR,9172 ΔG = -37,0 ΔG/ΔGm = 89,8
|
|
3'UTR,1540 ΔG = -36,5 ΔG/ΔGm = 78,7
|
|
|
|
мРНК PTPN12 5' C A 3'
AAAGGAGCAAUAUGA
UUUCUUCGUUAUACU
miR-1279 3' UC 5'
|
|
мРНК APC 5' G G 3'
GGACAUGGGGGCAGUUA
UUUGUACCUUCGUUAAU
miR-302f 3' 5'
|
CDS,927 ΔG = -24,4 ΔG/ΔGm = 86,5
|
|
CDS,2287 ΔG = -27,6 ΔG/ΔGm = 99,6
|
|
|
|
AXIN1 5'A A 3'
GGGACAGGGAAGGGCAU
CUUUGUCCUUUUUUGUA
miR-4307 3'C A 5'
|
|
ABCC2 5' C A 3'
UCUGCUUCGGAAAUCCA
GGACGAGGUUUUUAGGU
miR-1246 3' AA 5'
|
CDS,1072 ΔG = -26,0 ΔG/ΔGm = 85,5
|
|
CDS,4484 ΔG = -29,1 ΔG/ΔGm = 82,4
|
|
|
|
мРНК CD44 5' C G C 3'
GGAGGCACA GCACCC
UUUUUGUGU UGUGGG
miR-4455 3' G A 5'
|
|
мРНК ABCG2 5' C G 3'
GAGCGCACGCAUCCU
UUUGUGUGUGUGGGA
miR-4455 3' UU 5'
|
5'UTR,46 ΔG = -26,9 ΔG/ΔGm = 84,9
|
|
5’UTR,416 ΔG = -28,0 ΔG/ΔGm = 88,3
|
|
|
|
CDH1 5' C A 3'
UCCAGCCCGGCCCGACCCG
GGGUCGGGUCGGGUUGGGU
miR-4507 3' C 5'
|
|
PTEN 5'C C 3'
GGCGGCACCUCCCGCU
UUGUUGUGGGGGGUGG
miR-4472 3'UU 5'
|
5'UTR,62 ΔG = -46,4 ΔG/ΔGm = 91,0
|
|
5'UTR,495 ΔG = -31,7 ΔG/ΔGm = 82,3
|
Энергия взаимодействия (ΔG) - kcal/mol; ΔG/ΔGm значение - %
|
Достарыңызбен бөлісу: |
