Характеристики межгенных микроРНК

Из базы miRBase были получены нуклеотидные последовательности 787 межгенных микроРНК, с помощью программы miRNAFinder было подтверждено межгенное происхождение для 784 микроРНК. Для miR-1244, miR-3178, miR-3928 программа miRNAFinder не подтвердила межгенное происхождение. На рисунке 7 представлено распределение количества микроРНК в зависимости от длины микроРНК. Было установлено, что большинство межгенных микроРНК (612) имеют длину 21-23 нуклеотида. 385 межгенных микроРНК имеют длину 22 нуклеотида.

Рисунок 7 – График зависимости количества и длины микроРНК

Для определения важных микроРНК в развитии РТК в результате анализа литературы была создана база данных микроРНК, у которых обнаружено нарушение экспрессии при РТК. База данных состоит из 38 микроРНК, которые идентифицированы как потенциальные маркеры для диагностики, прогнозирования течения заболевания, возникновения рецидивов после лечения, назначения терапии. Например, экспрессия таких микроРНК, как miR-200c [313], miR-21 [309, 310] и miR-18a [315], ассоциирована с низким уровнем выздоровления и используется как прогностический маркер для предсказания выживания постоперационных больных с РТК. По последним клиническим данным, пациенты с низким уровнем экспрессии miR-200c живут в среднем на двенадцать месяцев дольше, чем пациенты с высоким уровнем экспрессии этой микроРНК. При высокой экспрессии miR-21 высокий риск наличия метастаз в регионарных лимфоузлах и отдаленных органах. То есть, экспрессии miR-21 коррелирует с клинической стадией РТК. Экспрессия miR-31 также может быть маркером для определения стадии заболевания. Экспрессия miR-320 и miR-498 ассоциирована с течением заболевания без рецидивов, то есть может быть прогностическим маркером. Есть работы, которые предлагают использовать уровень miR-145 и miR-320 для диагностики РТК. В таблице 10 представлены микроРНК, потенциально участвующие в развитии рака толстой кишки. В результате анализа литературы можно предложить следующие микроРНК как наиболее перспективные микроРНК для использования в качестве молекулярных маркеров: miR-106a, miR-126, miR-143, miR-145, miR-17-5p, miR-181b, miR-183, miR-200c, miR-20a, miR-21, miR-31, miR-34a, miR-92. В результате анализа данных, представленных в таблице 10, следует, что экспрессия некоторых микроРНК нарушена при нескольких опухолях. Приведенные результаты предварительные, потому что в большинстве случаев основаны на нарушении уровня экспрессии микроРНК при РТК по microarray анализу и нуждаются в дальнейшем подтверждении другими методами. Для дальнейшего изучения будут использованы все межгенные микроРНК человека.

Результаты работы отражены в одной статье и нескольких тезисах [323-325].
Таблица 10 - Потенциальные маркеры РТК

микроРНК	Гены мишени	Другие опухоли	Эксп-рессия	значимость	источник
let-7g	Ras, TGFRII		high	Индикатор для химиотерапии	[300]
miR-130a	TGFRII				[301]
miR135a	APC, MSH2				[223]
miR-135b	APC, MSH2		high		[223]
miR-143	DNMT3A, ICP4, ERK5	лейкемия	down		[302, 303]

Продолжение таблицы 10

Продолжение таблицы 10